mapcaplot

Создайте график Анализа главных компонентов (PCA) микроданных массива

свернуть все на странице

Синтаксис

mapcaplot(Data)
mapcaplot(Data, Label)

Аргументы

DataDataMatrix объектный или числовой массив, содержащий микровыражение с массивами, профилирует данные. Если объект DataMatrix, имена строки используются в качестве меток в графике, если вы не предоставляете меткам второй вход Label.
LabelМассив ячеек из символьных векторов или вектор строки представляющие метки для точек данных в графике.

Описание

mapcaplot(Data) создает 2D графики рассеивания основных компонентов Data, DataMatrix объектный или числовой массив, содержащий данные о профиле микровыражения с массивами.

mapcaplot(Data, Label) использует элементы массива ячеек из символьных векторов или вектора строки Label, вместо номеров строк, чтобы маркировать точки данных в графиках PCA.

Если вы строите основные компоненты, вы можете:

  • Выберите основные компоненты для x и осей y от выпадающих полей списков ниже каждого графика рассеивания.

  • Кликните по точке данных, чтобы отобразить ее метку.

  • Выберите подмножество точек данных перетаскиванием нажатия кнопки поле вокруг них. Это подсветит точки в выбранной области и соответствующие точки в других осях. Метки выбранных точек данных появляются в поле списка.

  • Выберите метку в поле списка, чтобы подсветить соответствующую точку данных в графике. Нажмите и содержите Ctrl или Shift, чтобы выбрать несколько точек данных.

  • Экспортируйте генные метки и индексы к структуре в рабочей области MATLAB® путем нажатия на Export.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Этот пример показывает, как создать график PCA микроданных массива дрожжей.

Этот пример использует данные из эксперимента (DeRisi и др., 1997), который использовал микромассивы DNA, чтобы изучить временную экспрессию гена почти всех генов в Saccharomyces cerevisiae (дрожжи) во время метаболического сдвига от ферментации до дыхания. Уровни экспрессии были измерены в семи моментах времени во время сдвига diauxic.

Загрузите MAT-файл, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™, который содержит отфильтрованные микроданные массива дрожжей.

load filteredyeastdata

Этот MAT-файл включает три переменные:

  • yeastvalues - Матрица данных об экспрессии гена из Saccharomyces cerevisiae (дрожжи) во время метаболического сдвига от ферментации до дыхания

  • гены - массив ячеек инвентарных номеров GenBank® для маркировки строк в yeastvalues

  • времена - вектор временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues

Выполните PCA на данных о выражении и постройте результат.

mapcaplot(yeastvalues, genes)

Ссылки

[1] DeRisi, J.L., Iyer, V.R., и Браун, отделение связи (1997). Исследование метаболического и генетического управления экспрессии гена в геномной шкале. Наука 278, 680–686s.

Смотрите также

| | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте