mavolcanoplot

Создайте значение по сравнению с отношением экспрессии гена (изменение сгиба) график рассеивания микроданных массива

Синтаксис

mavolcanoplot(DataX, DataY, PValues)
SigStructure = mavolcanoplot(DataX, DataY, PValues)
... mavolcanoplot(..., 'Labels', LabelsValue, ...)
... mavolcanoplot(..., 'LogTrans', LogTransValue, ...)
... mavolcanoplot(..., 'PCutoff', PCutoffValue, ...)
... mavolcanoplot(..., 'Foldchange', FoldchangeValue, ...)
... mavolcanoplot(..., 'PlotOnly', PlotOnlyValue, ...)

Входные параметры

DataX, DataY

Объект DataMatrix, матрица или вектор значений экспрессии гена от одного экспериментального условия. Если объект DataMatrix или матрица, каждая строка является геном, каждый столбец является выборкой, и среднее значение выражения вычисляется для каждого гена.

Примечание

Если значения в DataX или DataY являются натуральным звукорядом, используйте свойство LogTrans преобразовать их, чтобы регистрировать 2 шкалы.

PValues

Любое из следующего:

  • Вектор-столбец p-значений для каждой функции (например, ген) в наборе данных, такой, как возвращено mattest.

  • Объект DataMatrix, содержащий p-значения для каждой функции (например, ген) в наборе данных, такой, как возвращено mattest.

LabelsValue

Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий метки (обычно названия генов или тестовые идентификаторы набора) для данных. После создания графика можно кликнуть по точке данных, чтобы отобразить метку, сопоставленную с ним. Если вы не обеспечиваете LabelsValue, точки данных маркированы номерами строк от DataX и DataY.

LogTransValue

Свойство управлять преобразованием данных в DataX и DataY от натурального звукоряда, чтобы регистрировать 2 шкалы. Введите true, чтобы преобразовать данные, чтобы регистрировать 2 шкалы или false. Значением по умолчанию является false, который принимает, что данные уже являются журналом 2 шкалы.

PCutoffValue

Позволяет вам задать p-значение сокращения, чтобы задать точки данных, которые являются статистически значительными. Это значение отображено графически как горизонтальная строка на графике. Значением по умолчанию является 0.05, который эквивалентен 1,3010 на –log10 (p-значение) шкала. Значение должно быть между 0 и 1.

Примечание

Можно также изменить сокращение p-значения в интерактивном режиме после создания графика.

FoldchangeValue

Позволяет вам указать, что сгиб отношения изменяется, чтобы задать точки данных, которые дифференцированно выражаются. Значением по умолчанию является 2, который соответствует отношению 1 и –1 на log2 (отношение) шкала.

Примечание

Можно также изменить изменение сгиба в интерактивном режиме после создания графика.

PlotOnlyValue

Управляет отображением графика вулкана без компонентов пользовательского интерфейса. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примечание

Если вы устанавливаете свойство 'PlotOnly' на true, можно все еще отобразить метки для точек данных путем нажатия на точку данных, и можно все еще настроить вертикальные строки изменения сгиба и горизонтальную строку сокращения p-значения перетаскиванием нажатия кнопки строки.

Выходные аргументы

SigStructure

Структура, содержащая информацию для генов, которые считаются обоими статистически значительными (выше сокращения p-значения) и значительно дифференцированно выражаются (за пределами значений изменения сгиба). Поля описаны ниже.

Описание

mavolcanoplot(DataX, DataY, PValues) создает график рассеивания данных об экспрессии гена, строя значение по сравнению с изменением сгиба отношений экспрессии гена двух наборов данных, DataX и DataY. Это строит значение как –log10 (p-значение) от входа, PValues. DataX и DataY могут быть векторами, матрицами или объектами DataMatrix. PValues является объектом DataMatrix или вектор-столбцом.

SigStructure = mavolcanoplot(DataX, DataY, PValues) возвращает структуру, содержащую информацию для генов, которые считаются обоими статистически значительными (выше сокращения p-значения) и значительно дифференцированно выражаются (за пределами значений изменения сгиба). Поля в SigStructure сортируются по p-значению и включают:

  • Name

  • PCutoff

  • FCThreshold

  • GeneLabels

  • PValues

  • FoldChanges

Примечание

Поля PValues и FoldChanges будут или векторами или объектами DataMatrix в зависимости от типа входа PValues.

... mavolcanoplot(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) задает дополнительные свойства, которые используют имя свойства / пары значения в любом порядке. Это имя свойства / пары значения следующие:

... mavolcanoplot(..., 'Labels', LabelsValue, ...) позволяет вам обеспечить массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий метки (обычно названия генов, или зондируйте идентификаторы набора) для данных. После создания графика можно кликнуть по точке данных, чтобы отобразить метку, сопоставленную с ним. Если вы не обеспечиваете LabelsValue, точки данных маркированы номерами строк от DataX и DataY.

... mavolcanoplot(..., 'LogTrans', LogTransValue, ...) управляет преобразованием данных из DataX и DataY к шкале log2. Когда LogTransValue является true, mavolcanoplot преобразовывает данные от естественного до шкалы log2. Значением по умолчанию является false, который принимает, что данные уже являются log2 шкалой.

... mavolcanoplot(..., 'PCutoff', PCutoffValue, ...) позволяет вам задать сокращение p-значения, чтобы задать точки данных, которые являются статистически значительными. Это значение отображается графически как горизонтальная строка на графике. Значением по умолчанию является 0.05, который эквивалентен 1,3010 на –log10 (p-значение) шкала.

Примечание

Можно также изменить сокращение p-значения в интерактивном режиме после создания графика.

... mavolcanoplot(..., 'Foldchange', FoldchangeValue, ...) позволяет вам указать, что сгиб отношения изменяется, чтобы задать точки данных, которые дифференцированно выражаются. Сверните отображение изменений графически как две вертикальных строки на графике. Значением по умолчанию является 2, который соответствует отношению 1 и –1 на log2 (отношение) шкала.

Примечание

Можно также изменить изменение сгиба в интерактивном режиме после создания графика.

... mavolcanoplot(..., 'PlotOnly', PlotOnlyValue, ...) управляет отображением графика вулкана без компонентов пользовательского интерфейса. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примечание

Если вы устанавливаете свойство 'PlotOnly' на true, можно все еще отобразить метки для точек данных путем нажатия на точку данных, и можно все еще настроить вертикальные строки изменения сгиба и горизонтальную строку сокращения p-значения перетаскиванием нажатия кнопки строки.

График вулкана отображает следующее:

  • – log10 (p-значение) по сравнению с log2 (отношение) график рассеивания генов

  • Два вертикальных сгиба изменяют строки на уровне изменения сгиба 2, который соответствует отношению 1 и –1 на log2 (отношение) шкала. (Строки будут на различных уровнях изменения сгиба, если вы использовали свойство 'Foldchange'.)

  • Одна горизонтальная строка на 0,05 уровнях p-значения, которые эквивалентны 1,3010 на –log10 (p-значение) шкала. (Строка будет на различном уровне p-значения, если вы использовали свойство 'PCutoff'.)

После того, как вы отобразите график рассеивания вулкана, вы можете в интерактивном режиме:

  • Настройте вертикальные строки изменения сгиба перетаскиванием нажатия кнопки одна строка или ввод значения в текстовом поле Fold Change.

  • Настройте горизонтальную строку сокращения p-значения перетаскиванием нажатия кнопки или вводом значения в текстовом поле p-value Cutoff.

  • Отобразите метки для точек данных путем нажатия на точку данных.

  • Выберите ген из Up Regulated или списка Down Regulated, чтобы подсветить соответствующую точку данных в графике. Нажмите и содержите Ctrl или Shift, чтобы выбрать несколько генов.

  • Масштабируйте график путем выбора Tools > Zoom In или Tools > Zoom Out.

  • Просмотрите списки значительно отрегулированных и вниз отрегулированных генов и их связанных p-значений, и опционально, экспортируйте метки, p-значения и изменения сгиба в структуре в MATLAB® Workspace путем нажатия на Export.

Примеры

  1. Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит переменные данных Affymetrix®, включая dependentData и independentData, две матрицы значений экспрессии гена от двух экспериментальных условий.

    load prostatecancerexpdata

  2. Используйте функцию mattest, чтобы вычислить p-значения для значений экспрессии гена в этих двух матрицах. 

    pvalues = mattest(dependentData, independentData);

  3. Используя эти две матрицы, pvalues, вычисленный mattest и вектор-столбцом probesetIDs меток, если, использует mavolcanoplot, чтобы создать значение по сравнению с графиком рассеивания отношения экспрессии гена микроданных массива от двух экспериментальных условий.

    mavolcanoplot(dependentData, independentData, pvalues,...
'Labels', probesetIDs)

  4. Просмотрите график вулкана без компонентов пользовательского интерфейса.

    mavolcanoplot(dependentData, independentData, pvalues,...
'Labels', probesetIDs,'Plotonly', true)

Файл prostatecancerexpdata.mat, используемый в предыдущем примере, содержит данные из Лучшего и др., 2005.

Ссылки

[1] Цуй, X., Черчилль, G.A. (2003). Статистические тесты для дифференциального выражения в экспериментах комплементарной ДНК микромассивов. Биология генома 4, 210.

[2] Лучше всего, C.J.M., Гиллеспи, J.W., И, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Gathright, Y., Эриксон, H.S., Георгевич, L., Tangrea, M.A., Duray, P.H., Гонсалес, S., Веласко, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Цена, D.K., Figg, W.D., Emmert-маркер, M.R., и Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке простаты после терапии абляции андрогена. Клинические Исследования рака 11, 6823–6834.

Смотрите также

| | | | | | | |

Представленный в R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте