Exponenta Banner

molviewer

Отобразите и управляйте 3-D структурой молекулы

Синтаксис

molviewer
molviewer(File)
molviewer(pdbID)
molviewer(pdbStruct)
FigureHandle = molviewer(...)

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая одно из следующего:

  • Имя файла файла на пути поиска файлов MATLAB® или в Текущей папке MATLAB

  • Путь и имя файла

  • URL, указывающий на файл (URL должен начаться с протокола, такого как http://, ftp:// или file://),

Файл, на который ссылаются, является файлом модели молекулы, таким как Банк данных белка (PDB) - отформатированный файл (текстовый ASCII-файл). Типы правильного файла включают:

  • PDB

  • MOL (MDL)

  • SDF

  • X, y, z

  • SMOL

  • JVXL

  • CIF/mmCIF

pdbIDВектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных PDB.

Примечание

Каждая структура в базе данных PDB представлена алфавитно-цифровым идентификатором с четырьмя символами. Например, 4hhb является идентификатором для гемоглобина.

pdbStructСтруктура, содержащая поле для каждой записи PDB, такой, как возвращено getpdb или функцией pdbread.

Выходные аргументы

FigureHandleИзобразите указатель на Molecule Viewer.

Описание

molviewer открывает приложение Molecule Viewer. Можно отобразить 3-D молекулярные структуры путем выбора File > Open, File > Load PDB ID или File > Open URL.

molviewer(File) считывает данные в файле модели молекулы, File, и открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.

molviewer(pdbID) получает структурные данные белка, pdbID, от базы данных PDB и открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.

molviewer(pdbStruct) считывает данные из pdbStruct, структура, содержащая поле для каждой записи PDB, и открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.

FigureHandle = molviewer(...) возвращает указатель фигуры на окно Molecule Viewer.

Совет

Можно передать FigureHandle функции evalrasmolscript, которая отправляет команды скрипта RasMol в окно Molecule Viewer.

Совет

Если вы получаете какие-либо ошибки, связанные с памятью или пространством "кучи" Java®, попытайтесь увеличить свое пространство "кучи" Java, как описано по https://www.mathworks.com/support/solutions/en/data/1-18I2C/.

После отображения 3-D структуры молекулы вы можете:

  • Наведите мышь на субкомпонент молекулы, чтобы отобразить идентификационную метку для него.

  • Вращайте и вращайте молекулу под различными углами перетаскиванием нажатия кнопки это.

  • Вращайте молекулу в x-z плоскости путем нажатия.

  • Вращайте молекулу в x-y плоскости путем нажатия и удержания клавиши Shift, затем левое и правое перетаскивание нажатия кнопки.

  • Увеличение stepless вида путем нажатия и удержания клавиши Shift, затем перетаскивание нажатия кнопки вверх и вниз.

  • Увеличение пошагового вида путем нажатия на фигуру, затем превращения колесика прокрутки мыши, или путем нажатия следующих кнопок:

    или

  • Переместите молекулу путем нажатия и содержания Ctrl + Alt, затем перетаскивание нажатия кнопки.

  • Измените цвет фона между черным цветом и белым цветом путем нажатия.

  • Сбросьте положение молекулы путем нажатия.

  • Покажите или скройте Панель управления путем нажатия.

  • Управляйте и аннотируйте 3-D структуру путем выбора опций в Панели управления или, для полного списка опций, путем щелчка правой кнопкой по окну Molecule Viewer, чтобы выбрать команды:

  • Отобразите Консоль Скрипта Jmol путем нажатия.

    Примечание

    Существует известная ошибка с кнопкой Open редактора сценариев, который предотвращает загрузку скрипта Rasmol в интерактивном режиме. Вместо этого используйте функцию evalrasmolscript, которая отправляет команды скрипта RasMol в приложение Molecule Viewer. Кроме того, можно скопировать и вставить команды скрипта в консоль скрипта.

Примеры

Просмотрите ацетилсалициловую кислоту (аспирин) молекула, структурная информация которой содержится в файле молекулы Elsevier MDL aspirin.mol.

molviewer('aspirin.mol')

Просмотрите вирусную молекулу гемагглютинина гриппа H5N1, структурная информация которой расположена в www.rcsb.org/pdb/files/2FK0.pdb.gz.

molviewer('http://www.rcsb.org/pdb/files/2FK0.pdb.gz')

Просмотрите молекулу с идентификатором PDB 2DHB.

molviewer('2DHB')

Просмотрите молекулу с идентификатором PDB 4hhb и создайте указатель фигуры для Molecule Viewer.

FH = molviewer('4hhb')

Используйте функцию getpdb, чтобы получить данные о структуре белка от базы данных PDB и создать структуру MATLAB. Затем просмотрите молекулу белка.

pdbstruct = getpdb('1vqx')
molviewer(pdbstruct)

Смотрите также

| | | | |

Представленный в R2007a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка