pdbread

Считайте данные из файла Банка данных белка (PDB)

Синтаксис

PDBStruct = pdbread(File) PDBStruct = pdbread(File, 'ModelNum', ModelNumValue)

Входные параметры

File

Любое из следующего:

Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файл, на который ссылаются, является Банком данных белка (PDB) - отформатированный файл (текстовый ASCII-файл). Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB^® или в Текущей папке MATLAB.
Символьный массив или вектор-столбец строк, который содержит текст PDB-отформатированного файла.

Совет

Можно использовать функцию getpdb со свойством 'ToFile' получить данные о структуре белка от базы данных PDB и создать PDB-отформатированный файл.

ModelNumValue

Положительное целое число, задающее модель в PDB-отформатированном файле.

Выходные аргументы

PDBStruct Структура MATLAB, содержащая поле для каждой записи PDB.

Описание

База данных Protein Data Bank (PDB) является архивом экспериментально решительных 3-D биологических макромолекулярных данных о структуре. Для получения дополнительной информации о формате PDB, см.:

https://www.wwpdb.org/documentation/file-format

PDBStruct = pdbread(File) считывает данные из файла PDB-форматированного-текста File и хранит данные в структуре MATLAB, PDBStruct, который содержит поле для каждой записи PDB. Следующая таблица обобщает возможные записи PDB и соответствующие поля в структуре MATLAB PDBStruct:

Запись базы данных PDB	Поле в структуре MATLAB
`HEADER`	`Header`
`OBSLTE`	`Obsolete`
`TITLE`	`Title`
`CAVEAT`	`Caveat`
`COMPND`	`Compound`
`SOURCE`	`Source`
`KEYWDS`	`Keywords`
`EXPDTA`	`ExperimentData`
`AUTHOR`	`Authors`
`REVDAT`	`RevisionDate`
`SPRSDE`	`Superseded`
`JRNL`	`Journal`
`REMARK 1`	`Remark1`
`REMARK N` Примечание N равняется 2 - 999.	`Remarkn` Примечание n равняется 2 - 999.
`DBREF`	`DBReferences`
`SEQADV`	`SequenceConflicts`
`SEQRES`	`Sequence`
`FTNOTE`	`Footnote`
`MODRES`	`ModifiedResidues`
`HET`	`Heterogen`
`HETNAM`	`HeterogenName`
`HETSYN`	`HeterogenSynonym`
`FORMUL`	`Formula`
`HELIX`	`Helix`
`SHEET`	`Sheet`
`TURN`	`Turn`
`SSBOND`	`SSBond`
`LINK`	`Link`
`HYDBND`	`HydrogenBond`
`SLTBRG`	`SaltBridge`
`CISPEP`	`CISPeptides`
`SITE`	`Site`
`CRYST1`	`Cryst1`
`ORIGXn`	`OriginX`
`SCALEn`	`Scale`
`MTRIXn`	`Matrix`
`TVECT`	`TranslationVector`
`MODEL`	`Model`
`ATOM`	`Atom`
`SIGATM`	`AtomSD`
`ANISOU`	`AnisotropicTemp`
`SIGUIJ`	`AnisotropicTempSD`
`TER`	`Terminal`
`HETATM`	`HeterogenAtom`
`CONECT`	`Connectivity`

PDBStruct = pdbread(File, 'ModelNum', ModelNumValue) чтения только модель, заданная ModelNumValue из файла PDB-форматированного-текста File и, хранят данные в структуре MATLAB PDBStruct. Если ModelNumValue не соответствует существующему номеру режима в File, то pdbread считывает координатные информации всех моделей.

Поле последовательности

Поле Sequence является также структурой, содержащей информацию о последовательности в следующих подполях:

NumOfResidues
ChainID
ResidueNames — Содержит трехбуквенные коды для остатков последовательности.
Sequence — Содержит однобуквенные коды для остатков последовательности.

Примечание

Если последовательность изменила остатки, то подполе ResidueNames не может соответствовать стандартным трехбуквенным кодам аминокислоты. В этом случае подполе Sequence будет содержать измененный код остатка в положении, соответствующем измененному остатку. Измененный код остатка предоставлен в поле ModifiedResidues.

Образцовое поле

Поле Model является также структурой или массивом структур, содержащих координатную информацию. Если структура MATLAB содержит одну модель, поле Model является структурой, содержащей координатную информацию для той модели. Если структура MATLAB содержит многоуровневые модели, поле Model является массивом структур, содержащих координатную информацию для каждой модели. Поле Model содержит следующие подполя:

Atom
AtomSD
AnisotropicTemp
AnisotropicTempSD
Terminal
HeterogenAtom

Поле Atom

Поле Atom является также массивом структур, содержащих следующие подполя:

AtomSerNo
AtomName
altLoc
resName
chainID
resSeq
iCode
X
Y
Z
occupancy
tempFactor
segID
element
charge
AtomNameStruct — Содержит три подполя: chemSymbol, remoteInd и branch.

Примеры

Используйте функцию getpdb, чтобы получить информацию о структуре из Банка данных белка (PDB) для nicotinic белка приемника с идентификатором 1abt, и затем сохранить данные к PDB-отформатированному файлу nicotinic_receptor.pdb в Текущей папке MATLAB.
```
getpdb('1abt', 'ToFile', 'nicotinic_receptor.pdb');
```
Считайте данные из файла nicotinic_receptor.pdb в структуру MATLAB pdbstruct.
```
pdbstruct = pdbread('nicotinic_receptor.pdb');
```
Только для чтения вторая модель из файла nicotinic_receptor.pdb в структуру MATLAB pdbstruct_Model2.
```
pdbstruct_Model2 = pdbread('nicotinic_receptor.pdb', 'ModelNum', 2);
```

Просмотрите атомарную координатную информацию в образцовых полях и структур MATLAB pdbstruct и pdbstruct_Model2.

pdbstruct.Model

ans = 

1x4 struct array with fields:
    MDLSerNo
    Atom
    Terminal

pdbstruct_Model2.Model

ans = 

    MDLSerNo: 2
        Atom: [1x1205 struct]
    Terminal: [1x2 struct]

Считайте данные из URL в структуру MATLAB, gfl_pdbstruct.
```
gfl_pdbstruct = pdbread('http://www.rcsb.org/pdb/files/1gfl.pdb');
```

Документация

pdbread

Синтаксис

Входные параметры

Совет

Выходные аргументы

Описание

Примечание

Примечание

Поле последовательности

Примечание

Образцовое поле

Поле Atom

Примеры

Смотрите также

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка