Получите данные о структуре белка от базы данных Protein Data Bank (PDB)
PDBStruct = getpdb(PDBid)
PDBStruct = getpdb(PDBid,
...'ToFile', ToFileValue, ...)
PDBStruct = getpdb(PDBid,
...'SequenceOnly', SequenceOnlyValue,
...)
PDBid | Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных PDB. ПримечаниеКаждая структура в базе данных PDB представлена алфавитно-цифровым идентификатором с четырьмя символами. Например, |
ToFileValue | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла для сохранения PDB-отформатированных-данных. Если вы зададите только имя файла, тот файл будет сохранен в MATLAB® Current Folder. |
SequenceOnlyValue | Управляет возвратом последовательности белка только. Выбором является true или false (значение по умолчанию). Если существует одна последовательность, она возвращена как символьный массив. Если существует несколько последовательностей, они возвращены как массив ячеек. |
PDBStruct | Структура MATLAB, содержащая поле для каждой записи PDB. |
База данных Protein Data Bank (PDB) является архивом экспериментально решительных 3-D биологических макромолекулярных данных о структуре. getpdb получает данные о структуре белка от базы данных Protein Data Bank (PDB), которая содержит 3-D биологические макромолекулярные данные о структуре.
PDBStruct = getpdb(PDBid)PDBid, и возвращает структуру MATLAB PDBStruct, который содержит поле для каждой записи PDB. Следующая таблица обобщает возможные записи PDB и соответствующие поля в структуре MATLAB PDBStruct:
| Запись базы данных PDB | Поле в структуре MATLAB |
|---|---|
HEADER | Header |
OBSLTE | Obsolete |
TITLE | Title |
CAVEAT | Caveat |
COMPND | Compound |
SOURCE | Source |
KEYWDS | Keywords |
EXPDTA | ExperimentData |
AUTHOR | Authors |
REVDAT | RevisionDate |
SPRSDE | Superseded |
JRNL | Journal |
REMARK 1 | Remark1 |
REMARK NПримечаниеN равняется 2 - 999. | RemarknПримечаниеn равняется 2 - 999. |
DBREF | DBReferences |
SEQADV | SequenceConflicts |
SEQRES | Sequence |
FTNOTE | Footnote |
MODRES | ModifiedResidues |
HET | Heterogen |
HETNAM | HeterogenName |
HETSYN | HeterogenSynonym |
FORMUL | Formula |
HELIX | Helix |
SHEET | Sheet |
TURN | Turn |
SSBOND | SSBond |
LINK | Link |
HYDBND | HydrogenBond |
SLTBRG | SaltBridge |
CISPEP | CISPeptides |
SITE | Site |
CRYST1 | Cryst1 |
ORIGXn | OriginX |
SCALEn | Scale |
MTRIXn | Matrix |
TVECT | TranslationVector |
MODEL | Model |
ATOM | Atom |
SIGATM | AtomSD |
ANISOU | AnisotropicTemp |
SIGUIJ | AnisotropicTempSD |
TER | Terminal |
HETATM | HeterogenAtom |
CONECT | Connectivity |
PDBStruct = getpdb(PDBid, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) getpdb с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
сохраняет данные, возвращенные от базы данных до PDB-отформатированного файла, PDBStruct = getpdb(PDBid,
...'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue.
После того, как вы сохраните запись структуры белка на локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать функцию pdbread, чтобы считать файл в программное обеспечение MATLAB оффлайн или использовать функцию molviewer, чтобы отобразить и управлять 3-D изображением структуры.
PDBStruct = getpdb(PDBid,
...'SequenceOnly', SequenceOnlyValue,
...)true или false (значение по умолчанию). Если существует одна последовательность, она возвращена как символьный массив. Если существует несколько последовательностей, они возвращены как массив ячеек.
Поле Sequence является также структурой, содержащей информацию о последовательности в следующих подполях:
NumOfResidues
ChainID
ResidueNames — Содержит трехбуквенные коды для остатков последовательности.
Sequence — Содержит однобуквенные коды для остатков последовательности.
Если последовательность изменила остатки, то подполе ResidueNames не может соответствовать стандартным трехбуквенным кодам аминокислоты. В этом случае подполе Sequence будет содержать измененный код остатка в положении, соответствующем измененному остатку. Измененный код остатка предоставлен в поле ModifiedResidues.
Поле Model является также структурой или массивом структур, содержащих координатную информацию. Если структура MATLAB содержит одну модель, поле Model является структурой, содержащей координатную информацию для той модели. Если структура MATLAB содержит многоуровневые модели, поле Model является массивом структур, содержащих координатную информацию для каждой модели. Поле Model содержит следующие подполя:
Atom
AtomSD
AnisotropicTemp
AnisotropicTempSD
Terminal
HeterogenAtom
Поле Atom является также массивом структур, содержащих следующие подполя:
AtomSerNo
AtomName
altLoc
resName
chainID
resSeq
iCode
X
Y
Z
occupancy
tempFactor
segID
element
charge
AtomNameStruct — Содержит три подполя: chemSymbol, remoteInd и branch.
Получите информацию о структуре для переноса электронов (гем) белок, который имеет идентификатор PDB 5CYT, считывает информации в структуру MATLAB pdbstruct и сохраняет информацию к PDB-отформатированному файлу electron_transport.pdb в Текущей папке MATLAB.
pdbstruct = getpdb('5CYT', 'ToFile', 'electron_transport.pdb')
getembl | getgenbank | getgenpept | molviewer | pdbdistplot | pdbread | pdbsuperpose | pdbtransform | pdbwrite