Запишите в файл с помощью формата Банка данных белка (PDB)
pdbwrite(File, PDBStruct)
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)
File | Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для сохранения PDB-отформатированных-данных. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в MATLAB® Current Folder. СоветПосле того, как вы сохраните структуру MATLAB в локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать функцию |
PDBStruct | Структура MATLAB, содержащая 3-D структуру белка, координирует данные, созданные первоначально при помощи функций pdbread или getpdb.ПримечаниеМожно отредактировать эту структуру, чтобы изменить ее 3-D данные о структуре белка. Координатная информация хранится в поле |
PDBArray | Символьный массив, в котором каждая строка соответствует строке в записи PDB. |
pdbwrite( пишет содержимое структуры MATLAB File, PDBStruct)PDBStruct к PDB-отформатированному файлу (текстовый ASCII-файл), путь которого и имя файла заданы File. В выходном файле, File, сохраняются порядковые номера атома. Атомарные координатные записи упорядочены согласно их порядковым номерам атома.
После того, как вы сохраните структуру MATLAB в локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать функцию molviewer, чтобы отобразить и управлять 3-D изображением структуры.
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)PDBStruct, к PDBArray, символьному массиву, в котором каждая строка соответствует строке в записи PDB.
Можно отредактировать PDBStruct, чтобы изменить его 3-D данные о структуре белка. Координатная информация хранится в поле Model PDBStruct.
Используйте функцию getpdb, чтобы получить информацию о структуре из Банка данных белка (PDB) для зеленого флуоресцентного белка с идентификатором 1GFL и хранить данные в структуре MATLAB gflstruct.
gflstruct = getpdb('1GFL');Найдите x - координата первого атома.
gflstruct.Model.Atom(1).X ans = -14.0930
Отредактируйте x - координата первого атома.
gflstruct.Model.Atom(1).X = -18;
Не добавляйте или удаляйте любые поля Atom, потому что функция pdbwrite не позволяет числу элементов в структуре изменяться.
Запишите измененной структуре MATLAB gflstruct в новый PDB-отформатированный файл modified_gfl.pdb в папке Work на вашем диске C.
pdbwrite('c:\work\modified_gfl.pdb', gflstruct);Используйте функцию pdbread, чтобы считать измененный файл PDB в структуру MATLAB, затем подтвердить, что x - координата первого атома изменилась.
modified_gflstruct = pdbread('c:\work\modified_gfl.pdb')
modified_gflstruct.Model.Atom(1).X
ans =
-18