mzcdf2peaks
Преобразуйте mzCDF структуру, чтобы достигнуть максимума список
Синтаксис
[Peaklist, Times]
= mzcdf2peaks(mzCDFStruct)
Входные параметры
mzCDFStruct | Структура MATLAB®, содержащая информацию из файла NetCDF, такой как один созданный функцией |
Выходные аргументы
Peaklist | Любое из следующего:
|
Times | Скаляр вектора времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. Если |
Описание
[ извлечения достигают максимума информация от Peaklist, Times]
= mzcdf2peaks(mzCDFStruct)mzCDFStruct, структура MATLAB, содержащая информацию из файла NetCDF, такой как один созданный функцией mzcdfread, и создает Peaklist, одну матрицу или массив ячеек матриц, содержащих массу/заряд (m/z) значения и ионные значения интенсивности, и Times, скаляр или вектор времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных.
mzCDFStruct содержит поля, которые соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с _attributes. Номер и имена полей будут отличаться, в зависимости от массового программного обеспечения спектрометра, но обычно существуют поля mass_values и intensity_values.
Примеры
В следующем примере файл не обеспечивается results.cdf.
Используйте функцию
mzcdfread, чтобы считать файл NetCDF в программное обеспечение MATLAB как структура. Затем извлеките пиковую информацию от структуры.mzcdf_struct = mzcdfread('results.cdf'); [peaks,time] = mzcdf2peaks(mzcdf_struct) peaks = [7008x2 single] [7008x2 single] [7008x2 single] [7008x2 single] time = 8.3430 12.6130 16.8830 21.1530Создайте карту цветов, содержащую цвет для каждого пикового списка (время задержания).
colors = hsv(numel(peaks));
Создайте 3-D фигуру peaks и добавьте метки в него.
figure hold on for i = 1:numel(peaks) t = repmat(time(i),size(peaks{i},1),1); plot3(t,peaks{i}(:,1),peaks{i}(:,2),'color',colors(i,:)) end view(70,60) xlabel('Time') ylabel(mzcdf_struct.mass_axis_label) zlabel(mzcdf_struct.intensity_axis_label)