mzxmlread

Считайте данные из mzXML файла

свернуть все на странице

Синтаксис

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile)
mzXMLStruct = mzxmlread(myFile,Name,Value)

Описание

пример

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile) возвращает структуру MATLAB®, mzXMLStruct, из mzXML файла, myFile.

пример

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile,Name,Value) читает mzXML файл, myFile, и затем возвращает структуру MATLAB, mzXMLStruct, с помощью дополнительных опций, заданных одним или несколькими аргументами пары Name,Value .

Примеры

свернуть все

В этом примере файл не обеспечивается results_1.mzxml. Можно найти выборку mzXML файлами в:

Считайте mzXML файл в структуру MATLAB.

out = mzxmlread('results_1.mzxml')
out = 

     scan: [2000x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Просмотрите первое сканирование в mzXML файле путем создания отдельных переменных, содержащих отношение массы к заряду (mz_ratio) и интенсивность (Y) значения соответственно. Затем постройте эти значения.

mz_ratio = out.scan(1).peaks.mz(1:2:end); 
Y = out.scan(1).peaks.mz(2:2:end); 
stem(mz_ratio,Y,'marker','none')

В этом примере файл не обеспечивается results_2.mzxml. Можно найти выборку mzXML файлами в:

Считайте mzXML файл в структуру MATLAB, извлекая сканирование в индексе 1000.

out1 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',1000)
out1 = 

     scan: [1x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Считайте mzXML файл в структуру MATLAB, извлекая несколько сканирований в индексах 1000, 1500, и 2000.

out2 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',[1000 1500 2000])
out2 = 

     scan: [3x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Считайте mzXML файл в структуру MATLAB, извлекая область значений сканирований от индексов 1 000 - 2 000.

out3 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',[1000:2000])
out3 = 

    scan: [1001x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Входные параметры

свернуть все

Введите файл, заданный как вектор символов или строка, содержащая mzXML имя файла. Файл должен соответствовать mzXML 2.1 или более ранним спецификациям. Можно считать спецификацию mzXML 2.1 здесь:

http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1/Doc/mzXML_2.1_tutorial.pdf

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'Levels',3,'TimeRange',[5.0 10.0]

Уровни спектров, заданные как положительное целое число или вектор целых чисел, указывающих, который сканирования извлечь сканирования от myFile. По умолчанию mzxmlread читает все уровни спектров.

Для итоговой информации об уровнях спектров в mzXML файле используйте функцию mzxmlinfo.

Если вы используете аргумент пары "имя-значение" 'Levels', то вы не можете использовать 'TimeRange' или 'ScanIndices'.

Пример: 'Levels',5

Область значений времени, заданного как двухэлементный числовой массив, такой как [Start End], указывающий, который сканирования извлечь от myFile. Start и скалярные значения End должны быть между startTime и атрибутами endTime элемента msRun в myFile. Скалярное значение Start должно быть меньше, чем End. По умолчанию mzxmlread читает все сканирования.

Для итоговой информации об областях значений времени в mzXML файле используйте функцию mzxmlinfo.

Если вы используете аргумент пары "имя-значение" 'TimeRange', то вы не можете использовать 'Levels' или 'ScanIndices'.

Пример: 'TimeRange',[5.1 10.2]

Отсканируйте индексы, заданные как положительное целое число или вектор положительных целых чисел, указывающих который сканирования извлечь от myFile. Используйте целое число, чтобы задать одно сканирование или вектор целых чисел, чтобы задать несколько сканирований. По умолчанию mzxmlread читает все сканирования.

Для итоговой информации об областях значений времени в mzXML файле используйте функцию mzxmlinfo.

Если вы используете аргумент пары "имя-значение" 'ScanIndices', то вы не можете использовать 'Levels' или 'TimeRange'.

Пример: 'ScanIndices',7000

Многословный режим, заданный как true (1) или false (0). Когда 'Verbose' установлен в true, mzxmlread отображает прогресс при чтении myFile.

Пример: 'Verbose',false

Выходные аргументы

свернуть все

Структура из mzXML файла, возвращенного как структура MATLAB. mzXMLStruct имеет следующие поля:

Поле Описание
scanМассив структур, содержащий данные, имеющие отношение к каждому отдельному сканированию, такому как уровень масс-спектрометрии, общий текущий ион, полярность, предшествующая масса (когда это применяется), и данные о спектре.
indexСтруктура, содержащая индексы к позициям элементов сканирования в XML-документе.
mzXML

Структура, содержащая все следующее:

  • Информация в корневом элементе mzXML схемы, такой как инструмент детализирует, детали эксперимента и методы предварительной обработки

  • URL, указывающие на схемы для каждого сканирования

  • Индексация подхода

  • Цифровая подпись, вычисленная для текущего экземпляра документа

Советы

Анализ данных LC/MS требует расширенных объемов памяти от операционной системы.

  • Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:

  • Если вы получаете ошибки, связанные с пространством "кучи" Java®, увеличиваете ваше пространство "кучи" Java:

Смотрите также

| | | |

Представленный в R2006b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте