Ищите информацию для набора зонда Affymetrix
PSStruct =
probesetlookup(AffyStruct, ID)
AffyStruct | Структура, созданная affyread, функционирует из файла Affymetrix® CHP или файла библиотеки Affymetrix CDF для испытания выражения. |
ID | Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов/имен набора или генных идентификаторов. |
PSStruct | Структура или массив структур, содержащих следующие поля для тестового набора:
|
PSStruct =
probesetlookup(AffyStruct, ID)ID, вектором символов, строкой, вектором строки или массивом ячеек из символьных векторов, задающим один или несколько тестовых идентификаторов/имен набора или генных идентификаторов, и AffyStruct, структура, созданная из файла CHP Affymetrix или файла библиотеки Affymetrix CDF для испытания выражения.
Эта функция работает с файлами CHP, и CDF-файлы для выражения оценивает только. Это требует, чтобы файл библиотеки GIN сопоставил с файлом CHP или CDF-файлом, который будет расположен в той же папке как файл библиотеки CDF.
Следующий пример использует файл библиотеки CDF от E. coli массив Генома Антисмысла, с которого можно загрузить:
Следующий пример принимает, что файл библиотеки Ecoli_ASv2.CDF хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\Ecoli.
Считайте содержимое файла библиотеки CDF в структуру MATLAB®.
cdfStruct = affyread('D:\Affymetrix\LibFiles\Ecoli\Ecoli_ASv2.CDF');Ищите генный ID (Identifier), сопоставленный с набором зонда argG_b3172_at.
probesetlookup(cdfStruct,'argG_b3172_at')
ans =
Identifier: '3315278'
ProbeSetName: 'argG_b3172_at'
CDFIndex: 5213
GINIndex: 3074
Description: [1x82 char]
Source: 'NCBI EColi Genome'
SourceURL: [1x74 char]affyread | celintensityread | probelibraryinfo | probesetlink | probesetplot | probesetvalues | rmabackadj