probesetplot
Постройте зонд Affymetrix установленные значения интенсивности
Синтаксис
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'GeneName', GeneNameValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'Field', FieldValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)
Аргументы
CELStruct | Структура, созданная affyread, функционирует из файла Affymetrix® CEL. |
CDFStruct | Структура, созданная affyread, функционирует из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL. |
PS | Тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора. |
GeneNameValue | Средства управления, определил ли зонд имя или название гена, используются для заголовка графика. Выбором является true или false (значение по умолчанию).ПримечаниеСвойство |
FieldValue | Вектор символов или строка, задающая тип данных, чтобы построить. Выбор:
|
ShowStatsValue | Средства управления, включены ли строки среднего и стандартного отклонения в график. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
Описание
probesetplot( премьер-министр графиков (идеальная пара) и MM (несоответствие) значения интенсивности для заданного тестового набора. CELStruct, CDFStruct, PS)CELStruct является структурой, созданной функцией affyread из файла Affymetrix CEL. CDFStruct является структурой, созданной функцией affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL. PS является тестовым индексом набора или тестовым ID/именем набора.
Примечание
MATLAB использует 1 - базирующаяся индексация для зонда определила номера, в то время как CDF-файл Affymetrix использует 0 - базирующаяся индексация для зонда определила номера. Например, CDFStruct.ProbeSets(1) имеет ProbeSetNumber 0 в поле ProbePairs.
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) probesetplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
probesetplot( средства управления, определил ли зонд имя или название гена, используются для заголовка графика. Выбором является CELStruct, CDFStruct, PS,
...'GeneName', GeneNameValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Примечание
Свойство 'GeneName' требует, чтобы файл библиотеки GIN, сопоставленный с CEL и CDF-файлами, был расположен в той же папке как файл библиотеки CDF, из которого был создан CDFStruct.
probesetplot( задает тип данных, чтобы построить. Выбор: CELStruct, CDFStruct, PS,
...'Field', FieldValue, ...)
'Intensity'(значение по умолчанию)'StdDev''Background''Pixels''Outlier'
probesetplot( средства управления, включены ли строки среднего и стандартного отклонения в график. Выбором является CELStruct, CDFStruct, PS,
...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Примеры
Постройте зонд Affymetrix™ установленные значения интенсивности
Этот пример использует выборочные данные от E. coli Массив Генома Антисмысла. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT использование Инструмента Передачи данных.
Также необходимо загрузить Ecoli_ASv2. Файл библиотеки CDF для E. coli Массив Генома Антисмысла. У вас могут уже быть эти файлы, если у вас есть какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip, установленное на вашей машине. В противном случае получите файлы библиотеки путем загрузки и разархивации E. coli zip-файл Генома Антисмысла Массивов.
Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.
celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');
Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.
cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');
Постройте PM и значения интенсивности MM набора зонда argG_b3172_at, включая среднее и стандартное отклонение.
probesetplot(celStruct, cdfStruct, 'argG_b3172_at','showstats', true)
Смотрите также
affyread | celintensityread | probesetlink | probesetlookup | probesetvalues