Создайте филогенетическое дерево с помощью соединяющего соседа метода
PhyloTree = seqneighjoin(Distances)
PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method)
PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method, Names)
PhyloTree = seqneighjoin(...,
'Reroot', RerootValue)
Distances | Матрица или вектор, содержащий биологические расстояния между парами последовательностей, такой, как возвращено функцией seqpdist. |
Method | Вектор символов или строка, задающая метод, чтобы вычислить расстояния между узлами. Выбором является 'equivar' (значение по умолчанию) или 'firstorder'. |
Names | Любое из следующего:
Distances. |
PhyloTree = seqneighjoin(Distances)PhyloTree, филогенетический древовидный объект, от Distances, попарных расстояний между разновидностями или продуктами, с помощью соединяющего соседа метода.
PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method)Method, метод, чтобы вычислить расстояния новых узлов ко всем другим узлам в каждой итерации. Общим выражением, чтобы вычислить расстояния между новым узлом, n, после присоединения i и j и всеми другими узлами (k), дают
D(n,k) = a*D(i,k) + (1-a)*D(j,k) - a*D(n,i) - (1-a)*D(n,j)
Это выражение, как гарантируют, найдет правильное дерево с аддитивными данными (минимальное сокращение отклонения).
Выбор для Method:
| Метод | Описание |
|---|---|
equivar (значение по умолчанию) | Принимает равное отклонение и независимость эволюционных оценок расстояния (= 1/2), такой как в исходном соединяющем соседа алгоритме Saitou и Nei, JMBE (1987) или как в Studier и Keppler, JMBE (1988). |
firstorder | Принимает модель первого порядка отклонений и ковариации эволюционных оценок расстояния, с 'a', настраиваемым в каждой итерации к значению между 0 и 1, такой как в Gascuel, JMBE (1997). |
PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method, Names)Names, список имен (такие как разновидности или продукты), чтобы маркировать вершины в филогенетическом древовидном объекте.
задает, повторно базироваться ли PhyloTree = seqneighjoin(...,
'Reroot', RerootValue)PhyloTree. Выбором является true (значение по умолчанию) или false. Когда RerootValue является false, seqneighjoin исключает переукоренение получившегося дерева, которое полезно для наблюдения исходного приказа связи, выполненного алгоритмом. seqneighjoin по умолчанию повторно базируется получившееся дерево с помощью метода средней точки.
Создайте массив структур, представляющих выравнивание кратного аминокислот:
seqs = fastaread('pf00002.fa');Измерьте Jukes-Cantor попарные расстояния между последовательностями.
distances = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');
Используйте выходной аргумент distances, вектор, содержащий биологические расстояния между каждой парой последовательностей, как входной параметр к seqneighjoin.
Создайте филогенетическое дерево для выравнивания последовательности нескольких с помощью соединяющего соседа алгоритма. Задайте метод, чтобы вычислить расстояния новых узлов ко всем другим узлам.
phylotree = seqneighjoin(distances,'equivar',seqs)Phylogenetic tree object with 32 leaves (31 branches)
Просмотрите филогенетическое дерево:
view(phylotree)
[1] Saitou, N. и Nei, M. (1987). Соединяющий соседа метод: новый метод для восстановления филогенетических деревьев. Молекулярная биология и Эволюция 4 (4), 406–425.
[2] Gascuel, O. (1997). BIONJ: улучшенная версия алгоритма NJ на основе простой модели данных о последовательности. Молекулярная биология и Эволюция 14 685–695.
[3] Studier, J.A., Keppler, K.J. (1988). Примечание по соединяющему соседа алгоритму Saitou и Nei. Молекулярная биология и Эволюция 5 (6) 729–731.
cluster | multialign | phytree | plot | reroot | seqlinkage | seqpdist | view