постройте (phytree)
Чертите филогенетическое дерево
Синтаксис
plot(Tree)
plot(Tree, ActiveBranches)
H = plot(...)
plot(..., 'Type', TypeValue,
...)
plot(..., 'Orientation', OrientationValue,
...)
plot(..., 'Rotation', RotationValue,
...)
plot(..., 'BranchLabels', BranchLabelsValue,
...)
plot(..., 'LeafLabels', LeafLabelsValue,
...)
plot(..., 'TerminalLabels', TerminalLabelsValue,
...)
plot(..., 'LLRotation', LLRotationValue,
...)
Входные параметры
Tree | Филогенетический древовидный созданный объект, такой, как создано с функцией конструктора phytree. |
ActiveBranches | Логический массив размера |
TypeValue | Вектор символов или строка, задающая метод для рисования филогенетического дерева. Выбор:
|
OrientationValue | Вектор символов или строка, задающая положение корневого узла, и следовательно ориентацию phylogram или дерева кладограммы, когда свойством
|
RotationValue | Скаляр между |
BranchLabelsValue | Управляет отображением меток ответвления рядом с узлами ответвления. Выбором является |
LeafLabelsValue | Управляет отображением листовых меток рядом с вершинами. Выбором является
|
TerminalLabels | Управляет отображением терминальных меток по меткам метки деления на оси, когда свойством |
LLRotationValue | Управляет вращением листовых меток так, чтобы текст выровнялся к корневому узлу, когда свойством |
Выходные аргументы
H | Структура с указателями на семь элементов графика. Структура включает следующие поля:
СоветИспользуйте функцию |
Описание
plot( вовлекает филогенетический древовидный объект в фигуру как phylogram. Значительные расстояния между ответвлениями и узлами находятся в горизонтальном направлении. Вертикальные расстояния произвольны и не имеют никакого значения. Tree)
plot( скрывает неактивные ответвления и всех их потомков в Окне рисунка. Tree, ActiveBranches)ActiveBranches является логическим массивом размера numBranches-by-1 указание на активные ответвления.
H = plot(...) возвращает структуру с указателями на семь элементов графика.
plot(..., 'Type', задает метод для рендеринга филогенетического дерева. Выбор следующие.TypeValue,
...)
| Рендеринг типа | Описание |
|---|---|
'square' (значение по умолчанию) |
|
'angular' |
|
'radial' |
|
'equalangle' |
СоветЭтот тип рендеринга скрывает значение корневого узла и подчеркивает кластеры, таким образом, делая его полезным для того, чтобы визуально оценить кластеры и обнаружить выбросы. |
'equaldaylight' |
СоветЭтот тип рендеринга скрывает значение корневого узла и подчеркивает кластеры, таким образом, делая его полезным для того, чтобы визуально оценить кластеры и обнаружить выбросы. |
plot(..., 'Orientation', задает ориентацию корневого узла, и следовательно ориентацию phylogram или кладограммы филогенетическое дерево в Окне рисунка, когда свойством OrientationValue,
...)'Type' является 'square' или 'angular'.
plot(..., 'Rotation', задает угол поворота (в градусах) филогенетического дерева в Окне рисунка, когда свойством RotationValue,
...)'Type' является 'radial', 'equalangle' или 'equaldaylight'. Выбором является любой скаляр между 0 (значение по умолчанию) и 360.
plot(..., 'BranchLabels', скрывает или отображает метки ответвления рядом с узлами ответвления. Выбором является BranchLabelsValue,
...)true или false (значение по умолчанию).
plot(..., 'LeafLabels', скрывает или отображает листовые метки рядом с вершинами. Выбором является LeafLabelsValue,
...)true или false. Значение по умолчанию:
tRUEКогда свойством'Type'является'radial','equalangle'или'equaldaylight'ложьКогда свойством'Type'является'square'или'angular'
plot(..., 'TerminalLabels', скрывает или отображает терминальные метки по меткам метки деления на оси, когда свойством TerminalLabelsValue,
...)'Type' является 'square' или 'angular'. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
plot(..., 'LLRotation', управляет вращением листовых меток так, чтобы текст выровнялся к корневому узлу, когда свойством LLRotationValue,
...)'Type' является 'radial', 'equalangle' или 'equaldaylight'. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Примеры
% Create a phytree object from a file
tr = phytreeread('pf00002.tree')
% Plot the tree and return a structure with handles to the
% graphic elements of the phytree object
h = plot(tr,'Type','radial')
% Modify the font size and color of the leaf node labels % by using one of the handles in the return structure set(h.leafNodeLabels,'FontSize',6,'Color',[1 0 0])
Смотрите также
cluster | phytree | phytreeread | phytreeviewer | seqlinkage | seqneighjoin | view