Синтаксис

Аргументы

Описание

Tree = phytree(B) создает ультраметрический филогенетический древовидный объект. В ультраметрическом филогенетическом древовидном объекте все листы являются тем же расстоянием от корня.

B является числовым массивом размера [NUMBRANCHES X 2], в котором каждая строка представляет ответвление дерева, и это содержит два указателя на ответвление или вершины, которые являются его дочерними элементами.

Вершины пронумерованы от 1 до NUMLEAVES, и узлы ответвления пронумерованы от NUMLEAVES + 1 до NUMLEAVES + NUMBRANCHES. Обратите внимание на то, что, потому что только двоичные деревья позволены, NUMLEAVES = NUMBRANCHES + 1.

Ответвления заданы в хронологическом порядке (например, B(i,:) > NUMLEAVES + i). Как следствие первая строка может только иметь указатели на листы, и последняя строка должна представлять корневое ответвление. Родительско-дочерние расстояния установлены в 1, если дочерний элемент не является листом и удовлетворить ультраметрическое условие дерева, его расстояние увеличено.

Учитывая дерево с тремя листами и двумя ответвлениями как пример.

В Командном окне MATLAB^® ввести

B = [1 2 ; 3 4]

 B =

     1     2
     3     4

tree = phytree(B)

 Phylogenetic tree object with 3 leaves (2 branches)

view(tree)

Tree = phytree(B, D) создает дополнение (ультраметрика или nonultrametric) филогенетический древовидный объект с расстояниями ответвления, заданными D. D является числовым массивом размера [NUMNODES X 1] с расстояниями каждого дочернего узла (лист или ответвление) к его родительскому ответвлению, равному NUMNODES = NUMLEAVES + NUMBRANCHES. Последнее расстояние в D является расстоянием корневого узла и бессмысленно.

b = [1 2 ; 3 4 ]

b =

     1     2
     3     4

d = [1; 2; 1.5; 1; 0]

d =

    1.0000
    2.0000
    1.5000
    1.0000
         0

view(phytree(b,d))

Tree = phytree(B, C) создает ультраметрический филогенетический древовидный объект с расстояниями между ответвлениями и листами, заданными C. C является числовым массивом размера [NUMBRANCHES X 1], который содержит расстояние от каждого ответвления до листов. В ультраметрических деревьях все листы в том же местоположении (то же расстояние до корня).

b = [1 2 ; 3 4]

b =

     1     2
     3     4

c = [1 4]'

c =

     1
     4

view(phytree(b,c))

Tree = phytree(BC) создает ультраметрический филогенетический объект двоичного дерева с указателями ответвления в BC(:,[1 2]) и координатами ответвления в BC(:,3). То же самое как phytree(B,C).

Tree = phytree(..., N) задает имена для листов и/или ответвлений. N является вектором строки или массивом ячеек из символьных векторов. Если NUMEL(N)==NUMLEAVES, то имена присвоены хронологически листам. Если NUMEL(N)==NUMBRANCHES, имена присвоены узлам ответвления. Если NUMEL(N)==NUMLEAVES + NUMBRANCHES, все узлы называют. Неприсвоенное значение по умолчанию имен к 'Leaf #' и/или 'Branch #' как требуется.

Tree = phytree создает пустой филогенетический древовидный объект.

Смотрите также

cluster | get | getbyname | getcanonical | getmatrix | getnewickstr | pdist | phytreeread | phytreeviewer | phytreewrite | plot | prune | reroot | select | seqlinkage | seqneighjoin | seqpdist | subtree | view | weights