Филогенетический анализ
Восстановите, просмотрите, взаимодействуйте с и отредактируйте филогенетические деревья; загрузите методы для оценки уверенности; синонимичный и несинонимичный анализ
Приложения
| Phylogenetic Tree | Визуализируйте, отредактируйте и исследуйте филогенетические древовидные данные |
Функции
seqlinkage | Создайте филогенетическое дерево из попарных расстояний |
seqneighjoin | Создайте филогенетическое дерево с помощью соединяющего соседа метода |
seqpdist | Вычислите попарное расстояние между последовательностями |
phytreeviewer | Визуализируйте, отредактируйте и исследуйте филогенетические древовидные данные |
dnds | Оцените синонимичные и несинонимичные уровни замены |
dndsml | Оцените синонимичные и несинонимичные уровни замены с помощью метода максимального правдоподобия |
gethmmtree | Получите филогенетические древовидные данные от базы данных PFAM |
seqinsertgaps | Вставьте разрывы в нуклеотид или последовательность аминокислот |
Классы
phytree | Создайте объект phytree |
phytree object | Структура данных, содержащая филогенетическое дерево |
Темы
Филогенетический анализ является процессом, который вы используете, чтобы определить эволюционные отношения между организмами.
Используя приложение Phylogenetic Tree
Описание команд меню и функций создания пригодных для печати древовидных фигур.
Утилиты последовательности и статистика
Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных.
