SimBiology® позволяет вам создать модели динамических систем и выполнить анализы модели с помощью доступных данных исследований. Например, можно импортировать данные курса времени из экспериментов, предварительно обработать данные и использовать данные в аналитических задачах, таких как оценка параметра. Результаты задачи сгенерированы каждой задачей после того, как она закончила запускаться, и состойте из данных моделирования, сводных данных опций симуляции и настроек задачи, используемых во время задачи, запущенной, и графики для визуализации данных и исследования.
Можно импортировать данные от нескольких форматов файлов, таких как файлы Excel (.xls, .xlsx), текстовые файлы (.csv, .txt), и файлы SAS® XPORT (.xpt). Данные NONMEM®-formatted также поддержаны, и SimBiology интерпретирует столбцы согласно определениям NONMEM. Для получения дополнительной информации смотрите Импортирующие Поддержанные Данными Файлы и Типы данных. Можно также импортировать сгруппированные данные, которые имеют несколько групп наблюдений, таких как измеренные концентрации от нескольких пациентов.
Кроме того, SimBiology позволяет вам импортировать переменные из рабочей области MATLAB®. Если переменные имеют ту же размерность, можно конкатенировать их горизонтально множественным выбором (Ctrl +, нажатие кнопки или Command + нажимают на Mac).
Можно отредактировать имена столбцов при импорте. После того, как импортировано, имена являются итоговыми, и SimBiology обращается к столбцам теми именами в последующих рабочих процессах, таких как графический вывод или подгонка данных. Чтобы отредактировать, дважды кликните имя столбца в разделе Data Preview диалогового окна Import.
И внешние данные и результаты задачи сохранены в проекте SimBiology (*.sbproj). Они доступны от панели проекта в области рабочей области рабочего стола. Выберите Project в строке поиска и дважды кликните результат набора данных или задачи открыть его. Рабочий стол затем отображает соответствующее содержимое в области рабочей области. Следующие данные показывают пример рабочей области проекта и внешнего набора данных, когда открытый.
Можно визуализировать данные с помощью различных встроенных графиков, таких как графики временной зависимости или графики рассеивания. Сначала откройте данные и выберите тип графика из выпадающего меню на вкладке Define Plot. Затем задайте соответствующие входные параметры для графика. Если вы сгруппировали данные, можно создать график решетки, где каждая группа построена на отдельной оси.
Чтобы добавить больше графиков, выберите Blank Figure на вкладке Define Plot. Графики показываются отдельными вкладками фигуры в области рабочей области. Можно открыть и закрыть вкладки. Чтобы вновь открыть любую закрытую вкладку, выберите его из Open выпадающее меню. Чтобы удалить фигуру из проекта постоянно, выберите Delete Figure.
Рабочий стол обеспечивает встроенные инструменты, чтобы помочь вам исследовать данные. Например, можно более тщательно изучить в конкретной области графика путем увеличивания масштаб. Чтобы запросить значения точек данных, выберите Data Cursor на вкладке Define Plot и затем кликните по точке данных.
Можно также экспортировать данные в рабочее пространство MATLAB как отдельные переменные, dataset или SimData object. Кроме того, можно экспортировать результаты задачи в файл Excel® или MAT.
Можно открыть любой импортированный набор данных от панели проекта. Каждый внешний набор данных появляется как таблица на вкладке Raw Data в области рабочей области. Таблица показывает значения каждого столбца данных. Можно классифицировать столбцы как переменную группы, независимую переменную, зависимую переменную, ковариант, сумму дозы и переменные мощности дозы из выпадающего меню каждого столбца. Можно также задать соответствующий модуль для каждого столбца. SimBiology использует эти классификации данных соответственно в аналитических задачах. Например, задача Симуляции Группы использует независимые и зависимые переменные, чтобы отобразить данные на графике при применении сумм дозы от столбца дозы до каждой группы во время симуляции.
Рабочий стол позволяет вам предварительно обработать данные исключением точек данных, таких как выбросы. Исключенные точки данных не используются во время анализов модели, таких как подбор кривой данных. Исключенные строки в данных отображаются серым на вкладке Raw Data. Если у вас есть какие-либо графики, эти точки данных маркированы как Excluded data. Чтобы задать правила исключения или отредактировать существующие единицы, выберите Edit Exclusions на вкладке Explore Data и введите допустимое выражение MATLAB. Можно обратиться к именам столбцов в выражениях. Также можно использовать выпадающие меню из редактора исключения, чтобы выбрать столбец и оператор, чтобы задать выражение. Например, следующие данные показывают правило выражения исключить любые точки данных, зарегистрированные после Time > 5.
Можно преобразовать данные, чтобы сделать их легче визуализировать или улучшить interpretability. Чтобы добавить новый столбец производных данных от одного или нескольких существующих столбцов с помощью выражения MATLAB, выберите Edit Derived Data на вкладке Explore Data и введите выражение. Например, если вы хотите к логарифмическому преобразованию измеренные концентрации препарата, введите log(Conc), где Conc является именем столбца концентрации в ваших данных.
Рабочий стол также позволяет вам сравнить данные курса времени с результатами симуляции. Чтобы выдержать сравнение, добавьте данные в график временной зависимости моделируемых количеств в области Live Plots редактора задачи. Щелкните правой кнопкой по графику временной зависимости и выберите Define External Data to Plot.
Если у вас есть ход времени измеренных концентраций препарата, можно вычислить фармакокинетический (PK) параметры препарата с помощью неразделенного на отсеки анализа (NCA). Чтобы видеть таблицу параметров PK, выберите Open> NCA на вкладке Define Plot. Для получения дополнительной информации см. NCA.
Результаты задачи сохранены как Last Run (task name - model name)
Когда вы открываете результаты задачи, рабочий стол показывает вкладку Summary и другие вкладки фигуры в области рабочей области. Вкладка Summary содержит детали задачи, такие как симуляция и опции компиляции, используемые во время запущенной задачи. Сгенерированные графики, то есть, графики, заданные в разделе Plots to Generate задачи, показывают в отдельных вкладках. Чтобы отредактировать свойства каждого графика, такие как изменение x - оси или y - ось к логарифмической шкале, выбирают Edit Properties на вкладке Define Plot.
В дополнение к сгенерированным графикам можно добавить новые графики визуализировать результаты по-разному и получить дополнительное понимание. Например, можно исследовать отношение между двумя переменными путем добавления, что XY строит или проверяет качество подгонки с дополнительными остаточными графиками.
Чтобы просмотреть или экспортировать данные моделирования, выберите View или Export на вкладке Define Plot. Можно экспортировать результаты в рабочее пространство MATLAB и другие файлы, такие как файлы Excel или MAT.
Следующая фигура является примером результатов задачи симуляции модели 2D отсека показ разового концентрацией профиля препарата в отсеках Peripheral и Central.
Можно перейти к панели результатов задачи из редактора задачи путем выбора Go To на вкладке Editor. Можно также сохранить результаты задачи путем выбора Save.