SimBiology позволяет вам моделировать динамическое поведение модели. Прежде и во время симуляции, SimBiology выполняет серию шагов включая преобразование образцовых реакций и правил скоростей в набор обыкновенных дифференциальных уравнений (ОДУ), которые математически описывают образцовую динамику.
А именно, прежде чем симуляция начинается, SimBiology:
Проверяет модель. Для получения дополнительной информации смотрите Model Verification.
Определяет начальные условия, то есть, значения количества в начале симуляции. В частности, SimBiology сначала инициализирует значения количества на основе значений, заданных в модели. Во-вторых, это обновляет значения, заменяя их на соответствующие альтернативные значения от вариантов если таковые имеются. Затем это обновляет значения на основе начальных присвоений и повторенных присвоений. SimBiology оценивает начальные присвоения и повторенные присвоения как набор одновременных ограничений, и их порядок не влияет на итоговые значения количества. Для получения дополнительной информации смотрите Порядок Оценки Правил.
Создает ОДУ на основе образцовых реакций и правил скоростей. А именно, левая сторона (LHS) каждого ОДУ представляет производную времени количества модели. Правая сторона (RHS) задана с помощью потоков реакции, которые выведены от скоростей реакции. Для получения дополнительной информации смотрите ОДУ Получения от Реакций.
Преобразовывает дозы в изменения состояния, которые происходят в определенных временах симуляции.
Преобразовывает функции события в изменения состояния, которые зависят от условий, заданных, в конечном счете инициировал.
Когда симуляция начинается, то есть, во времени симуляции = 0, SimBiology:
Значения обновлений на основе начальных присвоений и повторенных присвоений.
Применяет любые изменения состояния из-за дозирования заданного во времени симуляции = 0.
Регистрирует обновленные значения количества.
События не могут вызвать переходы во время = 0, поскольку события только применяются, когда триггер изменяется от лжи до истины. Если триггер верен во времени симуляции = 0, то никакой переход не произошел, и событие не инициировано.
Во время симуляции SimBiology использует решатель, чтобы вычислить решения для ОДУ в разное время. А именно, решатель решает, что подходящее время продвигается и выполняет следующее на каждом шаге.
Значения обновлений для любых повторных присвоений.
Проверки триггерное условие каждого события. Если это переключается от лжи до истины на этом временном шаге, то это применяет изменения состояния согласно функциям события и обновляет значения для любых повторных присвоений.
Регистрирует обновленные значения количества.
Чтобы видеть систему ОДУ модели, используйте getequations в командной строке или откройте Представление уравнений в рабочем столе SimBiology.
Если модель имеет алгебраические уравнения, необходимо задать один из следующих решателей дифференциального алгебраического уравнения (DAE): солнечные часы, ode15s, ode23t. SimBiology преобразовывает алгебраические уравнения в алгебраические ограничения и решает их наряду с остальной частью ОДУ. Для получения дополнительной информации о доступных решателях, смотрите Выбор Simulation Solver.
Представление уравнений | getequations