getSequence

Получите последовательности из объекта

свернуть все на странице

Синтаксис

seqs = getSequence(object)
subsetSeqs = getSequence(object,subset)

Описание

пример

seqs = getSequence(object) возвращает последовательности нуклеотида в BioRead или BioMap объект.

пример

subsetSeqs = getSequence(object,subset) возвращает последовательности subsetSeqs поскольку только объектные элементы указаны subset.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Храните данные о чтении из SAM-отформатированного файла в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Получите последовательности (чтения) из объекта.

seqs = getSequence(br);

Получите последовательности из первых и третьих элементов в объекте.

seqs2 = getSequence(br,[1 3])
seqs2 = 2x1 cell array
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Используйте логический вектор, чтобы получить ту же информацию.

seqs3 = getSequence(br,[true false true])
seqs3 = 2x1 cell array
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Можно использовать заголовок, чтобы получить соответствующие последовательности с тем заголовком. Если несколько последовательностей имеют тот же заголовок, функция возвращает все те последовательности.

Получите последовательности с заголовком B7_591:4:96:693:509.

seqs4 = getSequence(br,{'B7_591:4:96:693:509'})
seqs4 = 1x1 cell array
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}

Доступ к каждому свойству объекта с помощью записи через точку.

seqs = br.Sequence;
seq2   = br.Sequence([1 3])
seq2 = 2x1 cell array
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий данные о чтении, заданные как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов в объекте, заданном как вектор положительных целых чисел, логический вектор, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек заголовков) для subset, повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Последовательности нуклеотида от объекта, возвращенного как массив ячеек из символьных векторов.

Последовательности нуклеотида от подмножества элементов от объекта, возвращенного как массив ячеек из символьных векторов.

Смотрите также

|

Темы

Введен в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте