Exponenta Banner
exponenta event banner

getSubsequence

Получите частичные последовательности из объекта

свернуть все на странице

Синтаксис

subSeqs = getSubsequence(object,subset,positions)

Описание

пример

subSeqs = getSubsequence(object,subset,positions) возвращает частичные последовательности subSeqs для положений последовательности, заданных positions от только возражают элементам, указанным subset.

Примеры

свернуть все

Попробовать в MATLAB

Храните данные о чтении из SAM-отформатированного файла в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Получите последовательности (чтения) из объекта.

seqs = getSequence(br);

Получите первые, третьи, и пятые последовательности из объекта.

seqs2 = getSequence(br,[1 3 5])
seqs2 = 3x1 cell array
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }
    {'GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG' }

Получите первые пять положений тех последовательностей.

seqs3 = getSubsequence(br,[1 3 5],[1:5])
seqs3 = 3x1 cell array
    {'CACTA'}
    {'AGTGG'}
    {'GCTCA'}

Можно использовать заголовок, чтобы получить соответствующие последовательности с тем заголовком. Если несколько последовательностей имеют тот же заголовок, функция возвращает все те последовательности.

Получите первые пять положений последовательностей с заголовком B7_591:4:96:693:509.

seqs4 = getSubsequence(br,{'B7_591:4:96:693:509'},[1:5])
seqs4 = 1x1 cell array
    {'CACTA'}

Получите первые, четвертые, и шестые положения первых трех последовательностей.

seq5 = getSubsequence(br,[1:3],[1 4 6])
seq5 = 3x1 cell array
    {'CTG'}
    {'CGG'}
    {'AGC'}

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий данные о чтении, заданные как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов в объекте, заданном как вектор положительных целых чисел, логический вектор, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек заголовков) для subset, повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Положения последовательности, заданные как вектор положительных целых чисел или логический вектор. Последняя позиция должна быть в области значений положений для каждой последовательности, заданной subset.

Пример: [2:10]

Выходные аргументы

свернуть все

Подпоследовательности от подмножества элементов, возвращенных как массив ячеек из символьных векторов.

Смотрите также

|

Темы

Введен в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка