Обновите последовательности чтения
newObject = setSequence(object,sequenceInfo)object с Sequence набор свойств к sequenceInfo.
newObject = setSequence(object,sequenceInfo,subset)object с Sequence свойство подмножества набора элементов к sequenceInfo. Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в sequenceInfo и subset.
Храните данные о чтении из SAM-отформатированного файла в объекте BioRead. Установите 'InMemory' к true загружать объект в память так, чтобы можно было изменить ее свойства.
br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br =
BioRead with properties:
Quality: {50x1 cell}
Sequence: {50x1 cell}
Header: {50x1 cell}
NSeqs: 50
Name: ''
Проверяйте последовательности чтения первых трех элементов объекта.
br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell array
{'TGGCTTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA' }
{'TTACACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT' }
{'CACGAGCGGTATATTTGCCTTTTTGTGCTGTGATTCGATTCTTTTCTCTCCTCCACCCAAGCGAGCTTGCTCACGAAGTGCGATGAGCTCTTTTACTTTTCAAGCTGGTTACTCATTGTATTTTGATTTGTTGTTAGAAATGAACGGATTAATTATTTGTTGCCCGGCATGCA'}
Сгенерируйте случайные последовательности для первых трех чтений. Используйте randseq функция, чтобы сгенерировать случайные последовательности с той же длиной как исходные последовательности.
sequenceInfo = cell(3,1); rng('default'); for i = 1:3 sequenceInfo{i} = randseq(length(br.Quality{i})); end sequenceInfo
sequenceInfo = 3x1 cell array
{'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC' }
{'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG' }
{'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}
Обновите последовательности первых трех элементов. br2 копия br с обновленными последовательностями чтения. Если необходимо обновить сам объект br, установите его как выход функции.
br2 = setSequence(br,sequenceInfo,[1:3]); br2.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell array
{'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC' }
{'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG' }
{'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}
Можно также обновить последовательности объекта br непосредственно с помощью записи через точку.
br.Sequence(1:3) = sequenceInfo; br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell array
{'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC' }
{'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG' }
{'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}
sequenceInfo — Считайте последовательностиСчитайте последовательности, заданные как массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий последовательности нуклеотида.
Пример: {'TGGCTTC','AAAGCAGTACG'}
subset — Подмножество элементов в объектеПодмножество элементов в объекте, заданном как вектор положительных целых чисел, логический вектор, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности.
Пример: [1 3]
Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек заголовков) для subset, повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.
newObject — Новый объект с обновленными свойствамиBioRead возразите | BioMap объектНовый объект с обновленными свойствами, возвращенными как BioRead или BioMap объект.
У вас есть модифицированная версия этого примера. Вы хотите открыть этот пример со своими редактированиями?
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.