cleavelookup

Найдите правило разламывания для фермента или составного объекта

Синтаксис

cleavelookup
cleavelookup('Code', CodeValue)
cleavelookup('Name', NameValue)

Аргументы

CodeValue Вектор символов, задающий код, представляющий код сокращения для фермента или составного объекта. Для допустимых кодов см. таблицу Cleave Lookup.
NameValue Вектор символов, задающий фермент или составное имя. Для допустимых имен см. таблицу Cleave Lookup.

Описание

cleavelookup отображает таблицу кодов сокращения, положений разламывания, шаблонов разламывания и полных имен ферментов и составных объектов, для которых правила разламывания заданы библиотекой правила разламывания. Правила исключения Тризина также перечислены в таблице. Для получения дополнительной информации смотрите инструмент ExPASy PeptideCutter.

Расколите поиск

КодПоложениеШаблонПолное имя
ARG-C 1R Протеиназа ARG-C
ASP-N 2D Эндопептидаза ASP-N
BNPS 1W BNPS-скатол
CASP1 1(?<=[FWYL]\w[HAT])D(?=[^PEDQKR]) Каспаза 1
CASP2 1(?<=DVA)D(?=[^PEDQKR]) Каспаза 2
CASP3 1(?<=DMQ)D(?=[^PEDQKR]) Каспаза 3
CASP4 1(?<=LEV)D(?=[^PEDQKR]) Каспаза 4
CASP5 1(?<=[LW]EH)D Каспаза 5
CASP6 1(?<=VE[HI])D(?=[^PEDQKR]) Каспаза 6
CASP7 1(?<=DEV)D(?=[^PEDQKR]) Каспаза 7
CASP8 1(?<=[IL]ET)D(?=[^PEDQKR]) Каспаза 8
CASP9 1(?<=LEH)D Каспаза 9
CASP10 1(?<=IEA)D Каспаза 10
CH-HI 1([FY](?=[^P]))|(W(?=[^MP])) Химотрипсин - высокая специфика
CH-LO 1([FLY](?=[^P]))|(W(?=[^MP]))| (M(?=[^PY]))|(H(?=[^DMPW])) Химотрипсин - низкая специфика
CLOST 1R Clostripain
CNBR 1M CNBR
ELANE1[AV]Эластаза нейтрофила
ENTKIN 1 (?<=[DE][DE][DE])KЭнтерокиназа
FACTXA 1(?<=[AFGILTVM][DE]G)R Факторный XA
FORMIC 1D Муравьиная кислота
GLUEND 1E Эндопептидаза Glutamyl
GRANB 1(?<=IEP)D Грэнзайм Б.
HYDROX 1N(?=G) Гидроксиламин
IODOB 1W Кислота Iodosobenzoic
LYSC 1K Lysc
NLATEV1(?<=Y\w)Q(?=[GS])NLA в табаке вытравливают вирус
NTCB 1C NTCB
PEPS 1 ((?<=[^HKR][^P])[^R](?=[FL][^P]))|((?<=[^HKR][^P])[FL](?=\w[^P]))Пепсин
PH = 1.3
PEPS2 1 ((?<=[^HKR][^P])[^R](?=[FLWY][^P]))|((?<=[^HKR][^P])[FLWY](?=\w[^P]))Пепсин
PH> 2
PROEND 1(?<=[HKR])P(?=[^P]) Эндопептидаза пролина
PROTK 1[AEFILTVWY] Протеиназа K
STAPHP 1(?<=[^E])E Стафилококковый peptidase I
THERMO 1[^DE](?=[AFILMV]) Термолизин
THROMB 1((?<=\w\wG)R(?=G))| ((?<=[AFGILTVM][AFGILTVWA]P)R(?=[^DE][^DE])) Тромбин
TRYPS 1((?<=\w)[KR](?=[^P]))| ((?<=W)K(?=P))|((?<=M)R(?=P)) Трипсин
XTRYPS1((?<=C)K[DHY])|((?<=D)K(?=D))|((?<=R)R(?=[HR]))|((?<=C)R(?=K))Исключения трипсина

cleavelookup('Code', CodeValue) отображает положение разламывания, шаблон разламывания и полное имя фермента или составного объекта, заданного CodeValue, вектор символов, задающий код сокращения.

cleavelookup('Name', NameValue) отображает положение разламывания, шаблон разламывания и код сокращения фермента или составного объекта, заданного NameValue, вектор символов, задающий фермент или составное имя.

Примеры

 Пример 8. Используя cleavelookup с Именем Фермента

Отобразите положение разламывания, шаблон разламывания и код сокращения Каспазы фермента 1.

cleavelookup('name', 'CASPASE 1')

ans =

1	(?<=[FWYL]\w[HAT])D(?=[^PEDQKR])	CASP1
 Пример 9. Используя cleavelookup с Кодом Сокращения

Отобразите положение разламывания, шаблон разламывания и полное имя фермента с кодом сокращения CASP1.

cleavelookup('code', 'CASP1')

ans =

1	(?<=[FWYL]\w[HAT])D(?=[^PEDQKR])	CASPASE 1

Смотрите также

| |

Представленный в R2008b

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте