restrict

Разделите последовательность нуклеотида на сайте ограничения

Синтаксис

Fragments = restrict(SeqNT, Enzyme)
Fragments = restrict(SeqNT, NTPattern, Position)
[Fragments, CuttingSites] = restrict(...)
[Fragments, CuttingSites, Lengths] = restrict(...)
... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue)

Аргументы

SeqNT

Одно из следующего:

Enzyme

Вектор символов или строка, задающая имя фермента ограничения от REBASE®, Базы данных Фермента Ограничения.

Совет

Некоторые ферменты задают сокращающие правила и для скрутки и для ее дополнительной скрутки. restrict применяет сокращающее правило только для 5' —> 3' скрутки. Для обходного решения к применению правила сокращения фермента для обеих скруток смотрите Примеры.

NTPattern

Короткий шаблон распознавания последовательности нуклеотида, чтобы искать в SeqNT, большая последовательность. NTPattern может иметь любой следующее:

Position

Любое из следующего:

  • Целое число, задающее положение в SeqNT сокращать, относительно NTPattern.

  • Двухэлементный вектор, задающий два положения в SeqNT сокращать, относительно NTPattern.

Примечание

Положение 0 соответствует сокращению перед первой базой NTPattern.

PartialDigestValue

Значение от 0 к 1 (значение по умолчанию), задающее вероятность, что сайт разламывания будет сокращен.

Описание

Fragments = restrict(SeqNT, Enzyme) сокращения SeqNT, последовательность нуклеотида, во фрагменты на сайтах ограничения Enzyme, фермент ограничения. restrict функционируйте хранит возвращаемые значения в Fragments, массив ячеек последовательностей.

Fragments = restrict(SeqNT, NTPattern, Position) сокращения SeqNT, последовательность нуклеотида, во фрагменты на сайтах ограничения задана NTPattern, шаблон распознавания нуклеотида и Position.

[Fragments, CuttingSites] = restrict(...) возвращает числовой вектор с индексами, представляющими сокращающие сайты. restrict функция добавляет 0 к началу CuttingSites вектор так, чтобы число элементов в CuttingSites равняется числу элементов в Fragments. Можно использовать CuttingSites + 1 указать на первую базу каждого фрагмента, соответствующего к исходной последовательности.

[Fragments, CuttingSites, Lengths] = restrict(...) возвращает числовой вектор с длинами каждого фрагмента.

... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue) симулирует частичный обзор, где каждый сайт ограничения в последовательности имеет PartialDigestValue или вероятность того, чтобы быть сокращенным.

REBASE, База данных Фермента Ограничения, является набором информации о ферментах ограничения и связанных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE или искать REBASE имя фермента ограничения, см.:

Примеры

Пример 76. Разделение последовательности нуклеотида путем определения фермента
  1. Введите последовательность нуклеотида.

    Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
  2. Используйте фермент ограничения HspAI (который задает последовательность распознавания GCGC и положение разламывания 1) раскалывать последовательность нуклеотида.

    fragmentsEnzyme = restrict(Seq,'HspAI')

    MATLAB возвращается:

    fragmentsEnzyme = 
    
        'AGAGGGGTACG'
        'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG'
        'CGCTTTATTAA'
Пример 77. Разделение последовательности нуклеотида путем определения шаблона и положения
  1. Введите последовательность нуклеотида.

    Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
  2. Используйте шаблон последовательности GCGC с точкой разламывания в положении 3 раскалывать последовательность нуклеотида.

    fragmentsPattern = restrict(Seq,'GCGC',3)

    MATLAB возвращается:

    fragmentsPattern = 
    
        'AGAGGGGTACGCG'
        'CTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCG'
        'CTTTATTAA'
Пример 78. Разделение последовательности нуклеотида путем определения регулярного выражения для шаблона
  1. Введите последовательность нуклеотида.

    Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
  2. Используйте регулярное выражение, чтобы задать шаблон последовательности.

    fragmentsRegExp = restrict(Seq,'GCG[^C]',3)

    MATLAB возвращается:

    fragmentsRegExp = 
    
        'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCG'
        'GGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA'
Пример 79. Возврат сокращающих сайтов и длин фрагмента
  1. Введите последовательность нуклеотида.

    Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
  2. Получите сокращающие сайты и длины фрагмента, а также фрагменты.

    [fragments, cut_sites, lengths] = restrict(Seq,'HspAI')

    MATLAB возвращается:

    fragments = 
        'AGAGGGGTACG'
        'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG'
        'CGCTTTATTAA'
    
    cut_sites =
         0
        11
        37
    
    lengths =
        11
        26
        11
Пример 80. Разделение двухцепочечной последовательности нуклеотида

Некоторые ферменты задают сокращающие правила и для скрутки и для ее дополнительной скрутки. restrict применяет сокращающее правило только для 5' —> 3' скрутки. Можно применить это правило вручную для дополнительной скрутки.

  1. Введите последовательность нуклеотида.

    seq = 'CCCGCNNNNNNN';
    

  2. Используйте seqcomplement функция, чтобы определить дополнительную скрутку, которая находится в 3' —> 5' направлений.

    seqc = seqcomplement(seq)
    

    MATLAB возвращается:

    seqc =
    
    GGGCGNNNNNNN
    
  3. Сократите первую скрутку с помощью фермента ограничения FauI (который задает шаблон последовательности распознавания CCCGC и положение разламывания 9).

    cuts_strand1 = restrict(seq, 'FauI')
    

    MATLAB возвращается:

    cuts_strand1 = 
    
        'CCCGCNNNN'
        'NNN'
    
  4. Сократите дополнительную скрутку согласно правилу, заданному FauI (который задает шаблон последовательности распознавания GGGCG с точкой разламывания в положении 11).

    cuts_strand2 = restrict(seqc, 'GGGCG', 11)
    

    MATLAB возвращается:

    cuts_strand2 = 
    
        'GGGCGNNNNNN'
        'N'

Ссылки

[1] Робертс, R.J., Vincze, T., Posfai, J. и Macelis, D. (2007). REBASE — ферменты и гены для ограничения DNA и модификации. Nucl. Кислоты Res. 35, D269–D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

Представлено до R2006a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте