Найдите ферменты ограничения, которые сокращают последовательность нуклеотида
[Enzymes, Sites]
= rebasecuts(SeqNT)
rebasecuts(SeqNT, Group)
rebasecuts(SeqNT, [Q, R])
rebasecuts(SeqNT, S)
SeqNT | Последовательность нуклеотида. |
Group | Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки представление имен допустимых ферментов ограничения. |
QR | Основные положения, которые ограничивают поиск всеми сайтами между основным Q и основной R. |
S | Основное положение, которое ограничивает поиск всеми сайтами после основного S. |
Enzymes | Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена ферментов ограничения от REBASE®, Базы данных Фермента Ограничения. |
Sites | Вектор сайтов сокращения идентифицирован с основным номером положения перед каждым сокращением. |
[ находит все ферменты ограничения, которые сокращают Enzymes, Sites]
= rebasecuts(SeqNT)SeqNT, последовательность нуклеотида.
rebasecuts( ограничивает поиск SeqNT, Group)Group, список ферментов.
rebasecuts( ограничивает поиск теми ферментами, которые сокращают после основного положения, заданного SeqNT, [Q, R])Q и прежде чем основное положение задано R.
rebasecuts( ограничивает поиск теми ферментами, которые сокращают сразу после основного положения, заданного SeqNT, S)S.
REBASE, База данных Фермента Ограничения, является набором информации о ферментах ограничения и связанных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE, см.:
Создайте последовательность нуклеотида.
seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';Найдите все возможные ферменты и сайты разламывания в последовательности.
[enzymes, sites] = rebasecuts(seq)
Найдите где ферменты ограничения CfoI и Tru9I сократите последовательность.
[enzymes, sites] = rebasecuts(seq, {'CfoI','Tru9I'})
enzymes =
'CfoI'
'CfoI'
'Tru9I'
sites =
13
39
45Найдите все возможные ферменты, которые сокращают после основы 7.
enzymes = rebasecuts(seq, 7)
enzymes =
'Csp6I'
'CviQI'
'RsaNI'Найдите все возможные ферменты, которые сокращают между основами 11 и 37.
enzymes = rebasecuts(seq, [11 37])
enzymes =
'AccII'
'AspLEI'
'BmiI'
'Bsh1236I'
'BspFNI'
'BspLI'
'BstFNI'
'BstHHI'
'BstUI'
'CfoI'
'FnuDII'
'GlaI'
'HhaI'
'Hin6I'
'HinP1I'
'Hpy188I'
'HspAI'
'MvnI'
'NlaIV'
'PspN4I'
'SetI'[1] Робертс, R.J., Vincze, T., Posfai, J. и Macelis, D. (2007). REBASE — ферменты и гены для ограничения DNA и модификации. Nucl. Кислоты Res. 35, D269–D270.
[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.
cleave | cleavelookup | regexp | restrict | seq2regexp | seqshowwords