Выровняйте чтения последовательности к ссылочным последовательностям с помощью Галстука-бабочки 1 (bowtie) и Галстук-бабочка 2 (bowtie2) функции выравнивания. Галстук-бабочка 1 приспособлен к выравниванию относительно коротких чтений (до 50 BP). Галстук-бабочка 2 более подходит для чтений дольше, чем 50 BP и предоставляет несколько преимуществ включая один - и поддержка чтений парного конца, локальная и сквозная поддержка выравнивания и разорванное выравнивание с аффинными штрафами.
bowtie | Короткие чтения карты к ссылочной последовательности с помощью Нор-Wheeler преобразовывают |
bowtiebuild | Сгенерируйте индекс с помощью Нор-Wheeler, преобразовывают |
bowtie2 | Сопоставьте чтения последовательности со ссылочной последовательностью |
bowtie2build | Создайте Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей |
bowtie2inspect | Смотрите Галстук-бабочку 2 индексных файла |
align2cigar | Преобразуйте выровненные последовательности в соответствующие подписи в формате CIGAR |
cigar2align | Преобразуйте невыровненные последовательности в выровненные последовательности с помощью подписей в формате CIGAR |
BioMap | Содержите последовательность, качество, выравнивание и данные об отображении |
Bowtie2AlignOptions | Опции, чтобы сопоставить чтения со ссылочной последовательностью |
Bowtie2BuildOptions | Содержите опции, чтобы создать Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей |
Bowtie2InspectOptions | Содержите опции, чтобы смотреть Галстук-бабочку 2 индексных файла |
Визуализируйте и исследуйте выравнивания чтения последовательности
Используйте NGS Browser, чтобы визуализировать и исследовать выравнивания чтения последовательности и аннотации функции