aminolookup

Найдите коды аминокислоты, целые числа, сокращения, имена и кодоны

Синтаксис

aminolookup
aminolookup(SeqAA)
aminolookup('Code', CodeValue)
aminolookup('Integer', IntegerValue)
aminolookup('Abbreviation', AbbreviationValue)
aminolookup('Name', NameValue)

Аргументы

SeqAA Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды или трехбуквенные сокращения, представляющие последовательность аминокислот. Для допустимых кодов и сокращений, см. таблицу Amino Acid Lookup.
CodeValue Вектор символов или строка, задающая однобуквенный код, представляющий аминокислоту. Для допустимых однобуквенных кодов см. таблицу Amino Acid Lookup.
IntegerValueОдно целое число, представляющее аминокислоту. Для допустимых целых чисел см. таблицу Amino Acid Lookup.
AbbreviationValue Вектор символов или строка, задающая трехбуквенное сокращение, представляющее аминокислоту. Для допустимых трехбуквенных сокращений см. таблицу Amino Acid Lookup.
NameValue Вектор символов или строка, задающая имя аминокислоты. Для допустимых имен аминокислоты см. таблицу Amino Acid Lookup.

Описание

aminolookup отображает таблицу кодов аминокислоты, целых чисел, сокращений, имен и кодонов.

Поиск аминокислоты

КодЦелое числоСокращениеИмя аминокислотыКодоны
A 1Ala Аланин GCU GCC GCA GCG
R 2Arg Аргинин CGU CGC CGA CGG AGA AGG
N 3Asn Аспарагин AAU AAC
D 4Asp Кислота аспарагиновой кислоты (Аспартат) GAU GAC
C 5CysЦистеин UGU UGC
Q 6Gln Glutamine CAA CAG
E 7Glu Глутаминовая кислота (Глутамат) GAA GAG
G 8Gly Глицин GGU GGC GGA GGG
H 9His Гистидин CAU CAC
I 10Ile Изолейцин AUU AUC AUA
L 11Leu Лейцин UUA UUG CUU CUC CUA CUG
K 12Lys Лизин AAA AAG
M 13Met Метионин AUG
F 14Phe Фенилаланин UUU UUC
P 15Pro Пролин CCU CCC CCA CCG
S 16Ser Серин UCU UCC UCA UCG AGU AGC
T 17Thr Треонин ACU ACC ACA ACG
W 18Trp Триптофан UGG
Y 19Tyr Тирозин UAU UAC
V 20Val Valine GUU GUC GUA GUG
B 21Asx Аспарагин или кислота Аспарагиновой кислоты (Аспартат)AAU AAC GAU GAC
Z 22Glx Glutamine или Glutamic acid (Глутамат)CAA CAG GAA GAG
X 23Xaa Любая аминокислотаВсе кодоны
* 24END Кодон завершения (остановка перевода) UAA UAG UGA
- 25GAP Разрыв неизвестной длины NA

aminolookup(SeqAA) преобразует между однобуквенными кодами и трехбуквенными сокращениями от последовательности аминокислот. Если вход является вектором символов или строкой однобуквенных кодов, то выход является вектором символов трехбуквенных сокращений. Если вход является вектором символов или строкой трехбуквенных сокращений, то выход является вектором символов соответствующих однобуквенных кодов.

Если вы вводите один из неоднозначных однобуквенных кодов BZ, или X, эта функция отображает соответствующее сокращение от неоднозначного символа аминокислоты.

aminolookup('abc')

ans =

AlaAsxCys

aminolookup('Code', CodeValue) отображает соответствующую аминокислоту трехбуквенное сокращение и имя.

aminolookup('Integer', IntegerValue) отображает соответствующую аминокислоту однобуквенный код, трехбуквенное сокращение и имя.

aminolookup('Abbreviation', AbbreviationValue) отображает соответствующую аминокислоту однобуквенный код и имя.

aminolookup('Name', NameValue) отображает соответствующую аминокислоту однобуквенный код и трехбуквенное сокращение.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте последовательность аминокислот в однобуквенных кодах к соответствующим трехбуквенным сокращениям.

aminolookup('MWKQAEDIRDIYDF')
ans = 
'MetTrpLysGlnAlaGluAspIleArgAspIleTyrAspPhe'

Преобразуйте последовательность аминокислот в трехбуквенных сокращениях к соответствующим однобуквенным кодам.

aminolookup('MetTrpLysGlnAlaGluAspIleArgAspIleTyrAspPhe')
ans = 
'MWKQAEDIRDIYDF'

Отобразите трехбуквенное сокращение и имя для аминокислоты, соответствующей однобуквенному коду R.

aminolookup('Code', 'R')
ans = 
    'Arg	Arginine
     '

Отобразите однобуквенный код, трехбуквенное сокращение и имя для аминокислоты, соответствующей целому числу 1.

aminolookup('Integer', 1)
ans = 
    'A	Ala	Alanine
     '

Отобразите однобуквенный код и имя для аминокислоты, соответствующей трехбуквенному сокращению asn.

aminolookup('Abbreviation', 'asn')
ans = 
    'N	Asparagine
     '

Отобразите однобуквенный код и трехбуквенное сокращение от пролина аминокислоты.

aminolookup('Name','proline')
ans = 
    'P	Pro
     '

Смотрите также

| | | | | | |

Представлено до R2006a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте