geosoftread

Считайте данные Gene Expression Omnibus (GEO) в формате SOFT

Синтаксис

GEOSOFTData = geosoftread(File)

Входные параметры

File

Любое из следующего:

Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файлом, на который ссылаются, является Файл примера формата SOFT Gene Expression Omnibus (GEO) (GSM), файл Набора данных (GDS) или Платформа (GPL) файл. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB^® или в Текущей папке MATLAB.
Символьный массив или вектор-столбец строк, который содержит текст ГЕО файла формата SOFT.

Совет

Можно использовать getgeodata функция с 'ToFile' свойство получить ГЕО данные о формате SOFT от базы данных GEO и создать ГЕО файл формата SOFT.

Выходные аргументы

GEOSOFTData Структура MATLAB, содержащая информацию от ГЕО файла формата SOFT.

Описание

GEOSOFTData = geosoftread(File) читает Файл примера формата SOFT Gene Expression Omnibus (GEO) (GSM), файл Набора данных (GDS) или Платформа (GPL) файл, и затем создает структуру MATLAB, GEOSOFTData, со следующими полями.

Поля	Описание
`Scope`	Тип чтения файла (ВЫБОРКА, НАБОР ДАННЫХ или PLATFORM)
`Accession`	Инвентарный номер для записи в базе данных GEO.
`Header`	Информация об эксперименте микромассивов.
`ColumnDescriptions`	Массив ячеек, содержащий описания столбцов в данных.
`ColumnNames`	Массив ячеек, содержащий имена столбцов в данных.
`Data`	Массив, содержащий микроданные массива.
`Identifier` (Только файлы GDS)	Массив ячеек, содержащий тестовые идентификаторы.
`IDRef` (Только файлы GDS)	Массив ячеек, содержащий индексы к зондам.

Примечание

В настоящее время, geosoftread функционируйте Выборка поддержек (GSM), Набор данных (GDS) и Платформа (GPL) записи.

Примеры

Получите данные GSM с ГЕО веб-сайта и сохраните его в файл.

geodata = getgeodata('GSM3258','ToFile','GSM3258.txt');

Используйте geosoftread считать локальную копию файла GSM, вместо того, чтобы получить доступ к нему с ГЕО веб-сайта.

geodata = geosoftread('GSM3258.txt')

geodata = 

                 Scope: 'SAMPLE'
             Accession: 'GSM3258'
                Header: [1x1 struct]
    ColumnDescriptions: {6x1 cell}
           ColumnNames: {6x1 cell}
                  Data: {5355x6 cell}

Считайте файл GDS для фотосинтеза у протеобактерий.

gdsdata = geosoftread('GDS329.soft')

gdsdata = 

                 Scope: 'DATASET'
             Accession: 'GDS329'
                Header: [1x1 struct]
    ColumnDescriptions: {6x1 cell}
           ColumnNames: {6x1 cell}
                 IDRef: {5355x1 cell}
            Identifier: {5355x1 cell}
                  Data: [5355x6 double]

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.

Документация