zonebackadj

Выполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью зонального метода

Синтаксис

BackAdjustedData = zonebackadj(Data)
[BackAdjustedData, ZoneStruct] = zonebackadj(Data)
[BackAdjustedData, ZoneStruct, Background] = zonebackadj(Data)
... = zonebackadj(Data, ...'NumZones', NumZonesValue, ...)
... = zonebackadj(Data, ...'Percent', PercentValue, ...)
... = zonebackadj(Data, ...'SmoothFactor', SmoothFactorValue, ...)
... = zonebackadj(Data, ...'NoiseFrac', NoiseFracValue, ...)
... = zonebackadj(Data, ...'CDF', CDFValue, ...)
... = zonebackadj(Data, ...'Mask', MaskValue, ...)
... = zonebackadj(Data, ...'Showplot', ShowplotValue, ...)

Входные параметры

Data Любое из следующего:
  • Структура MATLAB®, содержащая тестовую интенсивность из файла Affymetrix® CEL, такой, как возвращено affyread когда используется считать файл CEL.

  • Массив структур MATLAB, содержащих тестовую интенсивность из нескольких файлов Affymetrix CEL.

NumZonesValue Скалярный или двухэлементный вектор, который задает количество зон, чтобы использовать в фоновом режиме корректировку. Если скаляр, это должно быть квадратное число. Если двухэлементный вектор, первый элемент задает количество строк, и второй элемент задает количество столбцов в неквадратной сетке. Значением по умолчанию является 16.
PercentValueЗначение, которое задает процент, P, таким образом, что самый низкий P процент оцениваемых значений интенсивности от каждой зоны используется, чтобы оценить фон для той зоны. Значением по умолчанию является 2.
SmoothFactorValueЗначение, которое задает коэффициент сглаживания, используемый в вычислении взвешенного среднего вкладов каждой зоны к фону точки. Значением по умолчанию является 100.
NoiseFracValueЗначение, которое задает шумовую часть, NF, таким образом, что настроенное фоном значение дано max((Intensity - WeightedBackground), NF*LocalNoiseEstimate). Значением по умолчанию является 0.5.
CDFValueЛюбое из следующего:
  • Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла библиотеки Affymetrix CDF. Если вы задаете только имя файла, файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в текущей папке.

  • Структура MATLAB, содержащая информацию из файла библиотеки Affymetrix CDF, такой, как возвращено affyread когда используется считать CDF-файл.

Файл библиотеки CDF или структура задают ячейки управления, которые не используются в фоновом режиме оценки.
MaskValueЛогический вектор, который задает, который в фоновом режиме оценивают ячейки к маске и не использованию. В векторе, 0 = not masked и 1 = masked. Значениями по умолчанию являются значения в Masked столбец Probes поле файла CEL.
ShowplotValue

Управляет графическим выводом изображения фоновых оценок. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

BackAdjustedDataМатричный или массив ячеек векторов, содержащих настроенные фоном тестовые значения интенсивности.
ZoneStructСтруктура MATLAB, содержащая центры зон раньше, выполняла фоновую корректировку и оценки фоновых значений в центре каждой зоны.
BackgroundМатричный или массив ячеек векторов, содержащих предполагаемые фоновые значения для каждого зонда.

Описание

BackAdjustedData = zonebackadj(Data) возвращает настроенную фоном тестовую интенсивность в Data, который содержит тестовую интенсивность из файлов Affymetrix CEL. Детали фоновой корректировки описаны в Статистическом Документе Описания Алгоритмов.

[BackAdjustedData, ZoneStruct] = zonebackadj(Data) также возвращается, структура, содержащая центры зон раньше, выполняла фоновую корректировку и оценки фоновых значений в центре каждой зоны.

[BackAdjustedData, ZoneStruct, Background] = zonebackadj(Data) также возвращает матричный или массив ячеек векторов, содержащих предполагаемые фоновые значения для каждого зонда.

... = zonebackadj (DataPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы zonebackadj с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = zonebackadj(Data, ...'NumZones', NumZonesValue, ...) задает количество зон, чтобы использовать в фоновом режиме корректировку. NumZonesValue может быть или скаляр, который является квадратным числом или двухэлементным массивом, в котором первый элемент задает количество строк, и второй элемент задает количество столбцов в неквадратной сетке. Значением по умолчанию является 16.

... = zonebackadj(Data, ...'Percent', PercentValue, ...) задает процент, P, таким образом, что самый низкий P процент оцениваемых значений интенсивности от каждой зоны используется, чтобы оценить фон для той зоны. Значением по умолчанию является 2.

... = zonebackadj(Data, ...'SmoothFactor', SmoothFactorValue, ...) задает коэффициент сглаживания, используемый в вычислении взвешенного среднего вкладов каждой зоны к фону точки, таким образом обеспечивая плавный переход между зонами. Значением по умолчанию является 100.

... = zonebackadj(Data, ...'NoiseFrac', NoiseFracValue, ...) задает шумовую часть, такую, что настроенное фоном значение дано max((Intensity - WeightedBackground), NF*LocalNoiseEstimate), где NF NoiseFracValue. Значением по умолчанию является 0.5.

... = zonebackadj(Data, ...'CDF', CDFValue, ...) задает файл библиотеки Affymetrix CDF или структуру, которая задает ячейки управления, которые не используются в фоновом режиме оценки.

... = zonebackadj(Data, ...'Mask', MaskValue, ...) указывает, что логический вектор этого задает, какие ячейки к маске и не использованию в фоновом режиме оценивает. В векторе, 0 = not masked и 1 = masked. Значениями по умолчанию являются значения в Masked столбец Probes поле файла CEL.

... = zonebackadj(Data, ...'Showplot', ShowplotValue, ...) строит изображение фоновых оценок. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примеры

свернуть все

Этот пример использует выборочные данные от E. coli Массив Генома Антисмысла. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT использование Инструмента Передачи данных.

Также необходимо загрузить Ecoli_ASv2. Файл библиотеки CDF для E. coli Массив Генома Антисмысла. У вас могут уже быть эти файлы, если у вас есть какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip, установленное на вашей машине. В противном случае получите файлы библиотеки путем загрузки и разархивации E. coli zip-файл Генома Антисмысла Массивов.

Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.

celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');

Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.

cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');

Используйте zonebackadj функционируйте, чтобы возвратить матричный или массив ячеек векторов, содержащих предполагаемые фоновые значения для каждого зонда.

[baData,zones,background] = zonebackadj(celStruct,'cdf',cdfStruct);

Составьте таблицу значений интенсивности для argG_b3172_at тестовый набор.

psvals = probesetvalues(celStruct, cdfStruct, 'argG_b3172_at',...
         'background',background)
psvals =

   1.0e+03 *

  Columns 1 through 7

    5.2120         0         0    0.0454    0.4300    0.1770    0.1690
    5.2120    0.0010         0    0.0455    0.4310    0.1770    0.1273
    5.2120    0.0020         0    0.0455    0.4320    0.1770    0.1270
    5.2120    0.0030         0    0.0455    0.4330    0.1770    0.1333
    5.2120    0.0040         0    0.0455    0.4340    0.1770    0.2123
    5.2120    0.0050         0    0.0455    0.4350    0.1770    0.1495
    5.2120    0.0060         0    0.0455    0.4360    0.1770    0.0503
    5.2120    0.0070         0    0.0456    0.4370    0.1770    0.1525
    5.2120    0.0080         0    0.0456    0.4380    0.1770    0.1645
    5.2120    0.0090         0    0.0456    0.4390    0.1770    0.1260
    5.2120    0.0100         0    0.0456    0.4400    0.1770    0.0540
    5.2120    0.0110         0    0.0456    0.4410    0.1770    0.0833
    5.2120    0.0120         0    0.0457    0.4420    0.1770    0.0955
    5.2120    0.0130         0    0.0457    0.4430    0.1770    0.1100
    5.2120    0.0140         0    0.0457    0.4440    0.1770    0.2510

  Columns 8 through 14

    0.0354    0.0250         0         0    0.4300    0.1780    0.1635
    0.0218    0.0300         0         0    0.4310    0.1780    0.1003
    0.0237    0.0300         0         0    0.4320    0.1780    0.1750
    0.0259    0.0360         0         0    0.4330    0.1780    0.0940
    0.0433    0.0360         0         0    0.4340    0.1780    0.1718
    0.0275    0.0360         0         0    0.4350    0.1780    0.1540
    0.0112    0.0300         0         0    0.4360    0.1780    0.0460
    0.0377    0.0360         0         0    0.4370    0.1780    0.1070
    0.0312    0.0360         0         0    0.4380    0.1780    0.0973
    0.0234    0.0360         0         0    0.4390    0.1780    0.1213
    0.0112    0.0360         0         0    0.4400    0.1780    0.0540
    0.0174    0.0360         0         0    0.4410    0.1780    0.0623
    0.0171    0.0300         0         0    0.4420    0.1780    0.0840
    0.0196    0.0360         0         0    0.4430    0.1780    0.0925
    0.0460    0.0360         0         0    0.4440    0.1780    0.1118

  Columns 15 through 20

    0.0241    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0146    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0286    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0227    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0365    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0303    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0098    0.0250         0         0    0.0010    0.0020
    0.0210    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0219    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0253    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0129    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0125    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0186    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0220    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0207    0.0360         0         0    0.0010    0.0020

Ссылки

[1] Статистический документ описания алгоритмов, https://www.affymetrix.com/support/technical/whitepapers/ sadd_whitepaper.pdf

Представленный в R2007b

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте