Программное обеспечение SimBiology® расширяет вычислительную среду MATLAB® для анализа фармакокинетического (PK) модели использования данных. Программное обеспечение позволяет вам сделать следующее:
Создайте модели — Использование мастер типовой конструкции. В качестве альтернативы расширьте любую модель с фармакодинамическим (PD) компоненты модели или создайте более высокие модели точности. См. Модель для получения дополнительной информации.
Подходящие данные — нелинейная Подгонка, модели смешанных эффектов к данным и оценка фиксированные и случайные эффекты или подгонка данные с помощью нелинейного метода наименьших квадратов. Для получения дополнительной информации смотрите, Анализируют Данные Используя Модели.
Сгенерируйте диагностические графики — Для получения дополнительной информации, смотрите, Анализируют Данные Используя Модели.
Программное обеспечение позволяет вам работать с различными структурами модели, таким образом позволяя вам попробовать многоуровневые модели, чтобы видеть, какой приводит к лучшим результатам.
Можно импортировать табличные данные в SimBiology Model Analyzer или рабочее пространство MATLAB. Поддерживаемыми типами файлов является .xls, .csv, и .txt. Можно указать, что данные находятся в отформатированном файле NONMEM®. Процесс импорта интерпретирует столбцы согласно определениям NONMEM. Для получения дополнительной информации смотрите Импортирующие Данные.
SimBiology обеспечивает расширяемую среду моделирования. Можно сделать любое следующее:
Создайте модель PK с помощью мастера типовой конструкции, чтобы задать количество отсеков, пути введения и типа устранения.
Расширьте любую модель с фармакодинамическим (PD) компоненты модели или создайте более высокие модели точности.
Создайте или загрузите свой собственный SimBiology или модель SBML.
Для получения дополнительной информации смотрите то, Что Модель SimBiology?.
Выполните и индивидуума и подгонки населения к сгруппированным продольным данным:
Отдельная подгонка — Подходящие данные с помощью метода нелинейного метода наименьших квадратов, задайте преобразования параметра, оцените параметры и вычислите остаточные значения и предполагаемую содействующую ковариационную матрицу. Для рабочего процесса командной строки смотрите Подходящий Рабочий процесс для sbiofit. Для рабочего процесса приложения смотрите, Вычисляют Параметры NCA и Подбирают Модель к Данным PK/PD Используя Приложение SimBiology Model Analyzer.
Подгонка населения — Подходящие данные, задайте преобразования параметра и оцените фиксированные эффекты и случайные источники изменения на параметрах с помощью нелинейных моделей смешанных эффектов. Для рабочего процесса командной строки смотрите Нелинейные Смешанные Эффекты Моделировать Рабочий процесс.
Подгонка населения использование стохастического алгоритма — Подходящие данные, задайте преобразования параметра и оцените фиксированные эффекты и случайные источники изменения на параметрах, с помощью алгоритма Стохастической максимизации ожидания приближения (SAEM). SAEM более устойчив относительно начальных значений. Эта функциональность ослабляет предположение о постоянном ошибочном отклонении. Задать nlmefitsa как имя функции оценки, когда вы запускаетесь sbiofitmixed.
Кроме того, можно включить опцию ProgressPlot, чтобы получить живую обратную связь на состоянии оценки параметра.
Следующие примеры показывают, как оценить фармакокинетические параметры в командной строке.
Для примера приложения смотрите, Вычисляют Параметры NCA и Подбирают Модель к Данным PK/PD Используя Приложение SimBiology Model Analyzer.
Подтверждения для данных в tobramycin.txt файл расположен в /matlab/toolbox/simbio/simbiodemos папка. Набор данных обеспечивается доктором Леоном Аэронсом (laarons@fs1.pa.man.ac.uk).
Данные в tobramycin.txt файл был загружен с веб-сайта Средства Ресурса для кинетики Населения http://depts.washington.edu/rfpk/service/datasets/index.html (более не активный). Источник финансирования: NIH/NIBIB предоставляют P41-EB01975.
Исходный набор данных был изменен можно следующим образом:
Комментарии заголовка были удалены.
Файл был преобразован в разграниченный вкладкой формат.
Отсутствующие значения в HT столбец обозначался с "."вместо 100000000.000.
[1] Исходная Публикация: Aarons L, Vozeh S, Wenk M, Вайс П и Фоллэт Ф. “Фармакокинетика населения tobramycin”. Бром J Clin Фармакол. 1 989 сентябрей; 28 (3):305–14.