getSignature

Класс: BioMap

Получите подпись (информация о выравнивании) от BioMap объект

Синтаксис

Signature = getSignature(BioObj)
Signature = getSignature(BioObj, Subset)

Описание

Signature = getSignature(BioObj) возвращает Signature, массив ячеек отформатированных строк СИГАРЫ, каждое представление, как последовательность чтения в a BioMap объект выравнивается к ссылочной последовательности.

Signature = getSignature(BioObj, Subset) возвращает строки подписи только для объектных элементов, указанных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор из положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

Signature

Signature свойство подмножества элементов в BioObj. Signature массив ячеек отформатированных строк СИГАРЫ, каждое представление как считанные последовательности, заданные Subset, выровняйтесь к ссылочной последовательности.

Примеры

Создайте a BioMap объект, и затем получает подписи для различных элементов в объекте:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Retrieve the signature property of the second element in
% the object
Sig_2 = getSignature(BMObj1, 2)
Sig_2 = 

    '35M'
% Retrieve the signature properties of the first and third
% elements in the object
Sig_1_3 = getSignature(BMObj1, [1 3])
Sig_1_3 = 

    '36M'
    '35M'
% Retrieve the signature properties of all elements in the object
Sig_All = getSignature(BMObj1);

Альтернативы

Альтернатива использованию getSignature метод должен использовать точечную индексацию с Signature свойство:

BioObj.Sgnature(Indices)

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте