setSignature

Класс: BioMap

Установите подпись (информация о выравнивании) для BioMap объект

Синтаксис

NewObj = setSignature(BioObj, Signature)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)

Описание

NewObj = setSignature(BioObj, Signature) возвращает NewObj, новое BioMap объект, созданный из BioObj, существующее BioMap объект, с Signature набор свойств к Signature, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности.

NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset) возвращает NewObj, новое BioMap объект, созданный из BioObj, существующее BioMap объект, с Signature свойство подмножества набора элементов к Signature, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как считанные последовательности, заданные Subset, выровняйтесь к ссылочной последовательности. Это устанавливает подпись только для объектных элементов, указанных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Примечание

Если BioObj был создан из a BioIndexedFile объект, вы не можете установить его Signature свойство.

Signature

Массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор из положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в Signature и Subset. Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

NewObj

Объект BioMap класс.

Примеры

Создайте a BioMap объект, и затем набор подмножество подписей:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Signature property of the second element to a new value 
BMObj1 = setSignature(BMObj1,  {'36M'}, 2);

Советы

  • Обновить подписи в существующем BioMap объект, используйте тот же объект в качестве входа BioObj и выход NewObj.

  • Если вы изменяете последовательности или запускаете положения в объекте, вы, возможно, должны использовать setSignature метод, чтобы изменить Signature свойство модифицированных последовательностей соответственно.

Альтернативы

Альтернатива использованию setSignature метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с Signature свойство:

BioObj.Signature(Indices) = NewSignature

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewSignature вектор символов или массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. Indices и NewSignature должен иметь тот же номер и порядок элементов.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте