Класс: BioMap
Установите подпись (информация о выравнивании) для BioMap
объект
NewObj
= setSignature(BioObj
, Signature
)
NewObj
= setSignature(BioObj
, Signature
, Subset
)
возвращает NewObj
= setSignature(BioObj
, Signature
)NewObj
, новое BioMap
объект, созданный из BioObj
, существующее BioMap
объект, с Signature
набор свойств к Signature
, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности.
возвращает NewObj
= setSignature(BioObj
, Signature
, Subset
)NewObj
, новое BioMap
объект, созданный из BioObj
, существующее BioMap
объект, с Signature
свойство подмножества набора элементов к Signature
, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как считанные последовательности, заданные Subset
, выровняйтесь к ссылочной последовательности. Это устанавливает подпись только для объектных элементов, указанных Subset
.
|
Объект Примечание Если |
|
Массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
Примечание Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте a BioMap
объект, и затем набор подмножество подписей:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Set the Signature property of the second element to a new value BMObj1 = setSignature(BMObj1, {'36M'}, 2);
Обновить подписи в существующем BioMap
объект, используйте тот же объект в качестве входа BioObj
и выход NewObj
.
Если вы изменяете последовательности или запускаете положения в объекте, вы, возможно, должны использовать setSignature
метод, чтобы изменить Signature
свойство модифицированных последовательностей соответственно.
Альтернатива использованию setSignature
метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с Signature
свойство:
BioObj.Signature(Indices) = NewSignature
В предыдущем синтаксисе, Indices
вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices
не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewSignature
вектор символов или массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. Indices
и NewSignature
должен иметь тот же номер и порядок элементов.