Класс: BioMap
Создайте выравнивание, представленное в BioMap
объект
Alignment
= getAlignment(BioObj
, StartPos
, EndPos
)
Alignment
= getAlignment(BioObj
, StartPos
, EndPos
, R
)
Alignment
= getAlignment(...,
'ParameterName
', ParameterValue
)
[Alignment
, Indices
]
= getAlignment(...)
возвращает Alignment
= getAlignment(BioObj
, StartPos
, EndPos
)Alignment
, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от BioObj
A BioMap
объект. Последовательности чтения должны выровняться в определенной области ссылочной последовательности, которая задана StartPos
и EndPos
, два положительных целых числа, таким образом, что StartPos
меньше EndPos
, и оба меньше, чем длина ссылочной последовательности.
выбирает ссылку где Alignment
= getAlignment(BioObj
, StartPos
, EndPos
, R
)getAlignment
восстанавливает выравнивание.
принимает один или несколько разделенное от запятой название параметра / пары значения. Задайте Alignment
= getAlignment(...,
'ParameterName
', ParameterValue
)ParameterName
в одинарных кавычках.
[
возвращает Alignment
, Indices
]
= getAlignment(...)Indices
, вектор из индексов, задающих последовательности чтения, которые выравниваются в определенной области ссылочной последовательности.
|
Объект |
|
Положительное целое число, которое задает запуск области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, которое задает конец области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, индексирующее |
|
Задает, если дополнение пробелов добавляется в начале каждой выровненной последовательности, чтобы представлять смещение положения запуска каждой выровненной последовательности относительно ссылки. Выбором является |
|
Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от |
|
Вектор из индексов, задающих последовательности чтения от |
Создайте a BioMap
объект, и затем восстанавливает выравнивание между положениями 10 и 25 ссылочной последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Construct the alignment between positions 10 and 25 of the % reference sequence. Alignment = getAlignment(BMObj1, 10, 25)
Alignment = CTCATTGTAAATGTGT CTCATTGTAAATGTGT CTCATTGTAAATGTGT CTCATTGTAATTTTTT CTCATTGTAAATGTGT ATTGTAAATGTGT ATTGTAAATGTGT TGTAAATGTGT AAATGTGT GTGT GTGT GT
getAlignment
принимает, что ссылочная последовательность не имеет никаких разрывов. Поэтому положения в чтениях, соответствующих вставкам (I) и дополняющих (P), не появляются в выравнивании.
Поскольку мягкие отсеченные положения (S) не сопоставлены с положениями, которые выравниваются к ссылочной последовательности, они не появляются в выравнивании.
Пропущенное положение (N) появляется как .
(период) в выравнивании.
Трудно отсеченные положения (H) не появляются в последовательностях или выравнивании.
align2cigar
| BioMap
| cigar2align
| getBaseCoverage
| getCompactAlignment