Класс: BioMap
Установите запускают положения выровненных последовательностей чтения в BioMap
объект
NewObj
= setStart(BioObj
, Start
)
NewObj
= setStart(BioObj
, Start
, Subset
)
возвращает NewObj
= setStart(BioObj
, Start
)NewObj
, новое BioMap
объект, созданный из BioObj
, существующее BioMap
объект, с Start
набор свойств к Start
, вектор из положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Изменение Start
свойство переключает выровненные последовательности.
возвращает NewObj
= setStart(BioObj
, Start
, Subset
)NewObj
, новое BioMap
объект, созданный из BioObj
, существующее BioMap
объект, с Start
свойство подмножества набора элементов к Start
, вектор из положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Это устанавливает положения запуска только для объектных элементов, указанных Subset
.
|
Объект Примечание Если |
|
Вектор из положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
Примечание Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте a BioMap
объект, и затем набор подмножество последовательности запускают значения:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Set the Start property of the second element to a new value BMObj1 = setStart(BMObj1, 5, 2);
Чтобы обновиться запускают положения в существующем BioMap
объект, используйте тот же объект в качестве входа BioObj
и выход NewObj
.
Если вы изменяете последовательности или подписи в объекте, вы, возможно, должны использовать setStart
метод, чтобы изменить Start
свойство переключить выравнивание модифицированных последовательностей соответственно.
Альтернатива использованию setStart
метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с Start
свойство:
BioObj.Start(Indices) = NewStart
В предыдущем синтаксисе, Indices
вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices
не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewStart
вектор из целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Indices
и NewStart
должен иметь тот же номер и порядок элементов.