Храните данные о чтении из SAM-отформатированного файла в BioRead объект. По умолчанию данные остаются в исходном файле и BioRead использует индексный файл, чтобы получить доступ к данным, делая процесс большей памятью эффективный.

br = BioRead('ex1.sam')

br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Установите 'InMemory' аргумент пары "имя-значение" true хранить данные в памяти, позволяя вам получить доступ к данным быстрее и отредактировать свойства объекта.

brInMemory = BioRead('ex1.sam','InMemory',true)

brInMemory = 
  BioRead with properties:

     Quality: {1501x1 cell}
    Sequence: {1501x1 cell}
      Header: {1501x1 cell}
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Получите вторые и третьи элементы из объекта br. По умолчанию, полученный объект subset не помещается в память если родительский объект br не находится в памяти. Если br уже находится в памяти, получившееся подмножество помещается в память.

subset = getSubset(br,[2 3])

subset = 
  BioRead with properties:

     Quality: [2x1 File indexed property]
    Sequence: [2x1 File indexed property]
      Header: [2x1 File indexed property]
       NSeqs: 2
        Name: ''

В качестве альтернативы можно сохранить родительский объект br в исходном файле и загрузке получившееся подмножество в памяти, если подмножество мало достаточно. Вы получаете доступ к подмножеству быстрее и обновляете его по мере необходимости.

subsetInMemory = getSubset(br,[2 3],'InMemory',true)

subsetInMemory = 
  BioRead with properties:

     Quality: {2x1 cell}
    Sequence: {2x1 cell}
      Header: {2x1 cell}
       NSeqs: 2
        Name: ''

Обновите информацию о заголовке первого элемента.

subsetInMemory.Header(1)

ans = 1x1 cell array
    {'EAS54_65:7:152:368:113'}

subsetInMemory.Header(1) = {'NewHeader'};
subsetInMemory.Header(1)

ans = 1x1 cell array
    {'NewHeader'}

Можно использовать заголовок, чтобы получить соответствующие элементы с тем заголовком. Если несколько элементов имеют тот же заголовок, функция возвращает все те элементы.

Получите все элементы с заголовком 'B7_591:4:96:693:509' от br объект хранится в памяти.

subset2 = getSubset(brInMemory,{'B7_591:4:96:693:509'})

subset2 = 
  BioRead with properties:

     Quality: {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    Sequence: {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
      Header: {'B7_591:4:96:693:509'}
       NSeqs: 1
        Name: ''