Содержите чтения последовательности и их качественные данные
BioRead
объект содержит считанные данные секвенирования, включая заголовки последовательности, последовательности нуклеотида и качественные баллы.
Создайте объект BioRead из NGS (секвенирование следующего поколения) данные, хранимые в FASTQ-или SAM-отформатированном файле. Каждый элемент в объекте имеет последовательность, заголовок и качественный счет, сопоставленный с ним. Используйте свойства объектов и функции, чтобы исследовать, получить доступ, отфильтровать, и управлять всеми данными или подмножеством данных. Если у вас есть данные с чтениями, которые уже сопоставлены со ссылочной последовательностью, и необходимо получить доступ к записям выравнивания, использовать BioMap
вместо этого.
создает пустой bioreadObj
= BioReadBioRead
объект bioreadObj
.
создает bioreadObj
= BioRead(File
)BioRead
объект от File
, FASTQ-или SAM-отформатированный файл. Данные остаются в исходном файле после того, как объект создается, и вы имеете доступ к данным через свойства объектов, но не можете изменить свойства, кроме Name
свойство.
создает bioreadObj
= BioRead(S
)BioRead
объект от S
, структура MATLAB®, содержа поля Header
, Sequence
, и Quality
. Данные из S
остается в памяти, и можно изменить свойства объекта.
создает bioreadObj
= BioRead(Seqs
)BioRead
объект от Seqs
, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий последовательности нуклеотида.
задает опции с помощью одного или нескольких аргументов пары "имя-значение" в дополнение к входным параметрам в предыдущих синтаксисах. Например, bioreadObj
= BioRead(___,Name,Value
)br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
задает, чтобы загрузить данные в памяти вместо того, чтобы оставить его в исходном файле.
combine | Объедините два объекта |
get | Получите свойство объекта |
getHeader | Получите заголовки последовательности из объекта |
getQuality | Получите информацию о качестве последовательности из объекта |
getSequence | Получите последовательности из объекта |
getSubsequence | Получите частичные последовательности из объекта |
getSubset | Получите подмножество элементов от объекта |
set | Установите свойство объекта |
setHeader | Обновите информацию о заголовке чтений |
setQuality | Обновите информацию о качестве |
setSequence | Обновите последовательности чтения |
setSubsequence | Обновите частичные последовательности |
setSubset | Обновите элементы объекта |
write | Запишите содержимое объекта BioRead или BioMap зарегистрировать |
BioIndexedFile
| BioMap
| fastqinfo
| fastqread
| saminfo
| samread
| seqqcplot