Объект, содержащий иерархические аналитические данные о кластеризации
clustergram функция создает clustergram объект. Объект содержит иерархические аналитические данные о кластеризации, которые можно просмотреть в тепловой карте и древовидной схеме.
cgObj = clustergram( выполняет иерархический анализ кластеризации значений в data)data. Возвращенный объект cgObj кластерграммы содержит аналитические данные и отображает древовидную схему и тепловую карту.
cgObj = clustergram( устанавливает свойства объектов с помощью пар "имя-значение". Например, data,Name,Value)clustergram(data,'Standardize','column') стандартизирует значения вдоль столбцов данных. Можно задать несколько пар "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки.
view | Отобразите тепловую карту или кластерграмму |
plot | Представьте тепловую карту или кластерграмму |
addTitle | Добавьте заголовок на тепловую карту или кластерграмму |
addXLabel | Маркируйте x - ось тепловой карты или кластерграммы |
addYLabel | Маркируйте y - ось тепловой карты или кластерграммы |
clusterGroup | Выберите кластерную группу |
Загрузите микроданные массива, содержащие уровни экспрессии гена Saccharomyces cerevisiae (дрожжи) во время метаболического сдвига от ферментации до дыхания [1].
load filteredyeastdata
Этот файл MAT включает три переменные, которые добавляются к рабочей области MATLAB®:
- yeastvalues - Матрица A данных об экспрессии гена Saccharomyces - _cerevisiae_ во время метаболического сдвига от ферментации до дыхания - genes - Массив ячеек инвентарных номеров GenBank® для маркировки строк в yeastvalues \times - Вектор из временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues
Создайте объект кластерграммы отобразить карту тепла из данных об экспрессии гена в первых 30 строках yeastvalues матрица и стандартизирует вдоль строк данных.
cgo = clustergram(yeastvalues(1:30,:),'Standardize','Row')
Clustergram object with 30 rows of nodes and 7 columns of nodes.
Используйте set метод и genes и times векторы, чтобы добавить значимую строку и столбец помечают к кластерграмме.
set(cgo,'RowLabels',genes(1:30),'ColumnLabels',times)
Добавьте цветную полосу в кластерграмму путем нажатия на Insert Colorbar кнопка на панели инструментов.
Просмотрите всплывающую подсказку, содержащую значение интенсивности, метку строки и метку столбца для определенной области карты тепла путем нажатия на Data Cursor кнопка на панели инструментов, затем кликая по области в карте тепла. Чтобы удалить эту всплывающую подсказку, щелкните правой кнопкой по нему, затем выберите Delete Current Datatip.
Отобразите значения интенсивности для каждой области карты тепла путем нажатия кнопки Annotate на панели инструментов. Нажмите кнопку Annotate снова, чтобы удалить значения интенсивности.
Tip: If the amount of data is large enough, the cells within the clustergram are too small to display the intensity annotations. Zoom in to see the intensity annotations.
Удалите древовидные схемы древовидной схемы от фигуры путем нажатия кнопки Show Dendrogram на панели инструментов. Кликните по нему снова, чтобы отобразить древовидные схемы.
Используйте get метод, чтобы отобразить свойства объекта кластерграммы, cgo.
get(cgo)
Cluster: 'ALL'
RowPDist: {'Euclidean'}
ColumnPDist: {'Euclidean'}
Linkage: {'Average'}
Dendrogram: {}
OptimalLeafOrder: 1
LogTrans: 0
DisplayRatio: [0.2000 0.2000]
RowGroupMarker: []
ColumnGroupMarker: []
ShowDendrogram: 'on'
Standardize: 'ROW'
Symmetric: 1
DisplayRange: 3
Colormap: [11x3 double]
ImputeFun: []
ColumnLabels: {1x7 cell}
RowLabels: {30x1 cell}
ColumnLabelsRotate: 90
RowLabelsRotate: 0
Annotate: 'off'
AnnotPrecision: 2
AnnotColor: 'w'
ColumnLabelsColor: []
RowLabelsColor: []
LabelsWithMarkers: 0
Измените кластеризирующиеся параметры путем изменения метода рычажного устройства и изменения цвета групп узлов в древовидной схеме, рычажное устройство которой меньше порога 3.
set(cgo,'Linkage','complete','Dendrogram',3)
Установите курсор на узел ветви в древовидной схеме, чтобы подсветить (в синем) группу, сопоставленную с ним. Нажмите и удержите кнопку мыши, чтобы отобразить всплывающую подсказку, перечисляющую номер группы и узлы (гены или выборки) в группе.
Щелкните правой кнопкой по узлу ветви по древовидной схеме, чтобы отобразить меню опций.
Следующие опции доступны:
- Цвет Set Group - Изменение кластерный цвет группы. - Print Group, чтобы фигурировать - Print группа к окну рисунка. - Copy Group к Новой Кластерграмме - Copy группа к новому окну кластерграммы. - Export Group к Рабочей области - Создают объект кластерграммы группы в рабочем пространстве MATLAB. - Информация о Export Group к Рабочей области - Создают структуру, содержащую информацию о группе в рабочем пространстве MATLAB. Структура содержит эти поля:
- GroupNames - Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена строки или групп столбцов. - RowNodeNames - Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена узлов строки. - ColumnNodeNames - Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена узлов столбца. - ExprValues - Матрица M на n значений интенсивности, где M и N являются количеством узлов строки и узлов столбца соответственно. Если матрица содержит данные об экспрессии гена, обычно каждая строка соответствует гену, и каждый столбец соответствует выборке.
Создайте объект кластерграммы для Группы 18 в рабочем пространстве MATLAB. Щелкните правой кнопкой по Group 18, затем выберите Export Group to Workspace. В диалоговом окне Export to Workspace введите Group18, затем нажмите ОК.
Используйте view метод, чтобы просмотреть объект кластерграммы, Group18.
view(Group18)
Просмотрите все данные об экспрессии гена с помощью отличающейся красно-синей палитры и стандартизируйте вдоль строк данных.
cgo_all = clustergram(yeastvalues,'Colormap',redbluecmap,'Standardize','Row')
Clustergram object with 614 rows of nodes and 7 columns of nodes.
Создайте массивы структур, чтобы задать цвета маркера и аннотации для двух групп строк (510 и 593) и двух групп столбцов (4 и 5).
rm = struct('GroupNumber',{510,593},'Annotation',{'A','B'},... 'Color',{'b','m'}); cm = struct('GroupNumber',{4,5},'Annotation',{'Time1','Time2'},... 'Color',{[1 1 0],[0.6 0.6 1]});
Используйте RowGroupMarker и ColumnGroupMarker свойства добавить цветовые маркеры и аннотации к кластерграмме.
set(cgo_all,'RowGroupMarker',rm,'ColumnGroupMarker',cm)
[1] DeRisi, J. L. “Исследуя Метаболическое и Генетическое Управление Экспрессии гена по Геномной Шкале”. Наука 278, № 5338 (24 октября 1997): 680–86.