HeatMap

Объект, содержащий матрицу и тепловую карту, отображает свойства

расширьте все на странице

Описание

HeatMap функция создает HeatMap объект. Можно использовать объект отобразить тепловую карту (2D цветное изображение) матричных данных.

Создание

Синтаксис

HeatMap(data)
HeatMap(data,Name,Value)

Описание

пример

hmObj = HeatMap(data) отображает тепловую карту (2D цветное изображение) data и возвращает объект, содержащий свойства отображения и данные.

пример

hmObj = HeatMap(data,Name,Value) устанавливает свойства объектов с помощью пар "имя-значение". Например, HeatMap(data,'Annotate',true) значения данных отображений в тепловой карте. Можно задать несколько пар "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки.

Входные параметры

развернуть все

Данные о тепловой карте в виде объекта DataMatrix или числовой матрицы.

Аргументы в виде пар имя-значение

Используйте разделенные от запятой аргументы пары "имя-значение", чтобы установить свойства объектов. Заключите каждое имя свойства в одинарные кавычки.

Пример: hm = HeatMap(data,'Colormap',redbluecmap,'Annotate',true)

Свойства

развернуть все

Размерность для стандартизации значений данных в виде вектора символов, строки или положительного целого числа. Выбор:

  • 'column' или 1 — Стандартизируйте вдоль столбцов данных.

  • 'row' или 2 — Стандартизируйте вдоль строк данных.

  • 'none' или 3 — Не стандартизировать.

Если вы задаете 'column' или 'row', функция преобразовывает стандартизированные значения так, чтобы среднее значение было 0, и стандартное отклонение 1 в заданном измерении.

Пример: 'column'

Типы данных: double | char | string

Отметьте, чтобы сделать цветовую шкалу тепловой карты симметричной вокруг нуля в виде true или false.

Пример: false

Типы данных: логический

Отобразитесь область значений стандартизируют значения в виде положительной скалярной величины. Значением по умолчанию является максимальное абсолютное значение во входе data.

Например, если вы задаете 3, существует цветное изменение для значений между -3 и 3, но значения, больше, чем 3 тот же цвет как 3, и значения меньше, чем -3 тот же цвет как -3.

Например, если вы задаете redgreencmap для 'Colormap' свойство, чистый красный представляет значения, больше, чем или равный заданному значению области значений отображения, и чистый зеленый представляет значения, меньше чем или равные отрицанию заданного значения области значений отображения.

Пример 3

Типы данных: double

тепловая карта окрашивает в виде с тремя столбцами (M-by-3) матрицу значений "красного зеленого синего" (RGB) или имя указателя на функцию, который возвращает палитру, такой как redgreencmap или redbluecmap.

Палитрой по умолчанию является redgreencmap, в котором красный представляет значения выше среднего значения, черный представляет среднее значение, и зеленый представляет значения ниже среднего значения строки (ген) через все столбцы (выборки).

Пример: redbluecmap

Типы данных: double | char

Имя функции или указателя на функцию, чтобы приписать недостающие данные в виде вектора символов или массива ячеек. Если вы задаете массив ячеек, первым элементом должно быть имя функции или указателя на функцию, и остающимися элементами должны быть пары "имя-значение", используемые в качестве входных параметров к функции. Недостающие точки данных окрашены в серый в тепловой карте.

Если точки данных отсутствуют, можно использовать это свойство приписать отсутствующие значения.

Пример: 'func1'

Типы данных: char

Столбец помечает в виде вектора строки, массива ячеек из символьных векторов или числового вектора. Размер вектора должен совпадать с количеством столбцов во входе data.

Пример: ["sample1","sample2","sample3"]

Типы данных: double | string | cell

Строка помечает в виде вектора строки, массива ячеек из символьных векторов или числового вектора. Размер вектора должен совпадать с количеством строк во входе data.

Пример: ["gene1","gene2","gene3"]

Типы данных: double | string | cell

Ориентация столбца помечает в виде числового скаляра. Задайте значение вращения в градусах (положительные углы вызывают против часовой стрелки вращение).

Пример: 30

Типы данных: double

Ориентация строки помечает в виде числового скаляра. Задайте значение вращения в градусах (положительные углы вызывают против часовой стрелки вращение).

Пример: 30

Типы данных: double

Отметьте, чтобы отобразить значения данных в тепловой карте в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Точность отображения значений данных в тепловой карте в виде числового скаляра. Количеством по умолчанию цифр точности является 2.

Пример 3

Типы данных: double

Цвет текста отображенных значений данных в тепловой карте в виде вектора символов, строки или трехэлементного числового вектора. Например, чтобы использовать голубой, можно ввести [0 1 1]CCГолубой, или 'cyan'. Для получения дополнительной информации смотрите Параметры цвета.

Пример: 'red'

Типы данных: char | string | double

Предупреждение

Это свойство будет удалено в будущем релизе. Установите LabelsWithMarkers к true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Информация о цвете для столбца помечает в виде структуры или массива структур.

Для одной структуры необходимо задать следующие поля:

  • Labels — Массив ячеек из символьных векторов, задающий метки столбца, перечислен в ColumnLabels свойство.

  • Colors — Вектор символов или строка, задающая цвет для меток столбца. Если это поле пусто, (черный) цвет по умолчанию используется.

Для массива структур необходимо указать один элемент в каждом поле для каждой структуры.

  • Labels — Вектор символов или строка, задающая метку столбца, перечислены в ColumnLabels свойство.

  • Colors — Вектор символов или строка, задающая цвет для меток столбца. Если это поле пусто, (черный) цвет по умолчанию используется.

Для получения дополнительной информации об определении цветов смотрите Параметры цвета.

Типы данных: struct

Предупреждение

Это свойство будет удалено в будущем релизе. Установите LabelsWithMarkers к true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Информация о цвете для строки помечает в виде структуры или массива структур.

Для одной структуры это должно иметь следующие поля.

  • Labels – Массив ячеек из символьных векторов, задающий метки строки, перечислен в RowLabels свойство.

  • Colors – Вектор символов или строка, задающая цвет для меток строки. Если это поле пусто, (черный) цвет по умолчанию используется.

Для массива структур каждая структура должна иметь один элемент в каждом поле.

  • Labels – Вектор символов или строка, задающая метку строки, перечислены в RowLabels свойство.

  • Colors – Вектор символов или строка, задающая цвет для меток строки. Если это поле пусто, (черный) цвет по умолчанию используется.

Для получения дополнительной информации об определении цветов смотрите Параметры цвета.

Отметьте, чтобы отобразиться окрашенный маркерами вместо цветного текста для меток строки и столбца в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Функции объекта

viewОтобразите тепловую карту или кластерграмму
plotПредставьте тепловую карту или кластерграмму
addTitleДобавьте заголовок на тепловую карту или кластерграмму
addXLabelМаркируйте x - ось тепловой карты или кластерграммы
addYLabelМаркируйте y - ось тепловой карты или кластерграммы

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Создайте матрицу данных.

data = gallery('invhess',20);

Отобразите 2D цветную тепловую карту данных.

hmo = HeatMap(data);
             Standardize: '[column | row | {none}]'
               Symmetric: '[true | false].'
            DisplayRange: 'Scalar.'
                Colormap: []
               ImputeFun: 'string -or- function handle -or- cell array'
            ColumnLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
               RowLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
      ColumnLabelsRotate: []
         RowLabelsRotate: []
                Annotate: '[on | {off}]'
          AnnotPrecision: []
              AnnotColor: []
       ColumnLabelsColor: 'A structure array.'
          RowLabelsColor: 'A structure array.'
       LabelsWithMarkers: '[true | false].'
    ColumnLabelsLocation: '[ top | {bottom} ]'
       RowLabelsLocation: '[ {left} | right ]'

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains an object of type image.

Отобразите значения данных в тепловой карте.

hmo.Annotate = true;
view(hmo)

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 401 objects of type image, text.

Используйте plot функционируйте, чтобы отобразиться, тепловая карта на другом рисунке, заданном фигурой, обрабатывают fH.

fH = figure;
hA = plot(hmo,fH);

Figure contains an axes. The axes contains 401 objects of type image, text.

Используйте возвращенный указатель осей hA задавать свойства осей.

hA.Title.String = 'Inverse of an Upper Hessenberg Matrix';
hA.XTickLabelMode = 'auto';
hA.YTickLabelMode = 'auto';

Figure contains an axes. The axes with title Inverse of an Upper Hessenberg Matrix contains 401 objects of type image, text.

Скрипт Open Live Script

Загрузите выборку данных об экспрессии гена. 

load bc_train_filtered

Отобразите тепловую карту значений экспрессии гена для 4 918 генов от 78 выборок.

hmo = HeatMap(bcTrainData.Log10Ratio);
             Standardize: '[column | row | {none}]'
               Symmetric: '[true | false].'
            DisplayRange: 'Scalar.'
                Colormap: []
               ImputeFun: 'string -or- function handle -or- cell array'
            ColumnLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
               RowLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
      ColumnLabelsRotate: []
         RowLabelsRotate: []
                Annotate: '[on | {off}]'
          AnnotPrecision: []
              AnnotColor: []
       ColumnLabelsColor: 'A structure array.'
          RowLabelsColor: 'A structure array.'
       LabelsWithMarkers: '[true | false].'
    ColumnLabelsLocation: '[ top | {bottom} ]'
       RowLabelsLocation: '[ {left} | right ]'

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Добавьте заголовок на тепловую карту красного цвета. 

title = addTitle(hmo,'Gene Expression Data','Color','red');

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Измените размер шрифта заголовка.

title.FontSize = 12;

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Добавьте метки в ось X и ось Y.

addXLabel(hmo,'Samples','FontSize',12);
addYLabel(hmo,'Genes','FontSize',12);

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Больше о

развернуть все

Смотрите также

| |

Представленный в R2009b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте