Выполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью информации о последовательности
PMMatrix_Adj = gcrmabackadj(PMMatrix, MMMatrix, AffinPM, AffinMM)
[PMMatrix_Adj, nsbStruct]
= gcrmabackadj(PMMatrix, MMMatrix, AffinPM, AffinMM)
... = gcrmabackadj( ...'OpticalCorr', OpticalCorrValue,
...)
... = gcrmabackadj( ...'CorrConst', CorrConstValue,
...)
... = gcrmabackadj( ...'Method', MethodValue,
...)
... = gcrmabackadj( ...'TuningParam', TuningParamValue,
...)
... = gcrmabackadj( ...'AddVariance', AddVarianceValue,
...)
... = gcrmabackadj( ...'GSBCorr', GSBCorrValue,
...)
... = gcrmabackadj( ...'Showplot', ShowplotValue,
...)
... = gcrmabackadj( ...'Verbose', VerboseValue,
...)
PMMatrix | Матрица значений интенсивности, где каждая строка соответствует идеальной паре (PM), зонд и каждый столбец соответствуют файлу Affymetrix® CEL. (Каждый файл CEL сгенерирован от отдельного чипа. Все микросхемы должны иметь тот же тип.) Совет Можно использовать
|
MMMatrix | Матрица значений интенсивности, где каждая строка соответствует несоответствию (MM) зонд и каждый столбец, соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL сгенерирован от отдельного чипа. Все микросхемы должны иметь тот же тип.) Совет Можно использовать
|
AffinPM | Вектор-столбец PM зондирует сродство, такой, как возвращено affyprobeaffinities функция. Каждая строка соответствует зонду. |
AffinMM | Вектор-столбец MM зондирует сродство, такой, как возвращено affyprobeaffinities функция. Каждая строка соответствует зонду. |
OpticalCorrValue | Управляет использованием оптической фоновой коррекции на премьер-министре и значениях интенсивности зонда MM в PMMatrix и MMMatrix. Выбором является true (значение по умолчанию) или false. |
CorrConstValue | Значение, которое задает постоянную корреляцию, ро, для логарифмической фоновой интенсивности для каждой пары зонда PM/MM. Выбором является любое значение ≥ 0 и ≤ 1. Значением по умолчанию является 0.7. |
MethodValue | Вектор символов или строка, которая задает метод, чтобы оценить сигнал. Выбором является 'MLE', более быстрый, оперативный Оценочный метод Наибольшего правдоподобия или 'EB', более медленный, более формальный, эмпирический метод Бейеса. Значением по умолчанию является 'MLE'. |
TuningParamValue | Значение, которое задает настраивающийся параметр, используемый оценочным методом. Эта настройка наборы параметров нижняя граница значений сигналов с положительной вероятностью. Выбором является положительное значение. Значением по умолчанию является 5 (MLE) или 0.5 (EB).Совет Для получения информации об определении установки для этого параметра смотрите Ву и др., 2004. |
AddVarianceValue | Средства управления, добавляется ли отклонение сигнала к функции веса для сглаживания низкого ребра сигнала. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
GSBCorrValue | Задает, выполнить ли коррекцию специфичной для гена привязки (GSB) с помощью тестовых данных о сродстве. Выбором является true (значение по умолчанию) или false. Если нет никакой тестовой информации о сродстве, это свойство проигнорировано. |
ShowplotValue | Управляет отображением графика, показывающего log2 тестовых значений интенсивности из заданного столбца (чип) в MMMatrix, по сравнению с тестовым сродством в AffinMM. Выбором является trueложь, или I, целое число, задающее столбец в MMMatrix. Если установлено в true, первый столбец в MMMatrix построен. Значение по умолчанию:
|
VerboseValue | Управляет отображением отчета о выполнении работ, показывающего количество каждого чипа, когда это завершается. Выбором является true (значение по умолчанию) или false. |
PMMatrix_Adj | Матрица фона настроила PM (идеальная пара) значения интенсивности. |
nsbStruct | Структура, содержащая неопределенные обязательные фоновые параметры, оцененные от интенсивности и сродства зондов на массиве Affymetrix GeneChip®.
|
PMMatrix_Adj = gcrmabackadj(PMMatrix, MMMatrix, AffinPM, AffinMM)PMMatrix_Adj, матрица фона настроила PM (идеальная пара) значения интенсивности.
Примечание
Если AffinPM и AffinMM данные не доступны, можно все еще использовать gcrmabackadj функция путем ввода векторов пустого столбца для обоих из этих входных параметров в синтаксисе.
[ возвращает PMMatrix_Adj, nsbStruct]
= gcrmabackadj(PMMatrix, MMMatrix, AffinPM, AffinMM)nsbStruct, структура, содержащая неопределенные обязательные фоновые параметры, оцененные от интенсивности и сродства зондов на массиве Affymetrix GeneChip. nsbStruct включает следующие поля:
sigma
mu_pm
mu_mm
... = gcrmabackadj (... ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)gcrmabackadj с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = gcrmabackadj( ...'OpticalCorr', управляет использованием оптической фоновой коррекции на премьер-министре и значениях интенсивности зонда MM в OpticalCorrValue,
...)PMMatrix и MMMatrix. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
... = gcrmabackadj( ...'CorrConst', задает постоянную корреляцию, ро, для логарифмической фоновой интенсивности для каждой пары зонда PM/MM. Выбором является любое значение CorrConstValue,
...)≥ 0 и ≤ 1. Значением по умолчанию является 0.7.
... = gcrmabackadj( ...'Method', задает метод, чтобы оценить сигнал. Выбором является MethodValue,
...)MLE, более быстрый, оперативный Оценочный метод Наибольшего правдоподобия или EB, более медленный, более формальный, эмпирический метод Бейеса. Значением по умолчанию является MLE.
... = gcrmabackadj( ...'TuningParam', задает настраивающийся параметр, используемый оценочным методом. Эта настройка наборы параметров нижняя граница значений сигналов с положительной вероятностью. Выбором является положительное значение. Значением по умолчанию является TuningParamValue,
...)5 (MLE) или 0.5 (EB).
Совет
Для получения информации об определении установки для этого параметра смотрите Ву и др., 2004.
... = gcrmabackadj( ...'AddVariance', средства управления, добавляется ли отклонение сигнала к функции веса для сглаживания низкого ребра сигнала. Выбором является AddVarianceValue,
...)true или false (значение по умолчанию).
... = gcrmabackadj( ...'GSBCorr', задает, выполнить ли коррекцию гена определенной привязки (GSB) с помощью тестовых данных о сродстве. Выбором является GSBCorrValue,
...)true (значение по умолчанию) или false. Если нет никакой тестовой информации о сродстве, это свойство проигнорировано.
... = gcrmabackadj( ...'Showplot', управляет отображением графика, показывающего log2 тестовых значений интенсивности из заданного столбца (чип) в ShowplotValue,
...)MMMatrix, по сравнению с тестовым сродством в AffinMM. Выбором является trueложь, или I, целое число, задающее столбец в MMMatrix. Если установлено в true, первый столбец в MMMatrix построен. Значение по умолчанию:
false — Когда возвращаемые значения заданы.
true — Когда возвращаемые значения не заданы.
... = gcrmabackadj( ...'Verbose', управляет отображением отчета о выполнении работ, показывающего количество каждого чипа, когда это завершается. Выбором является VerboseValue,
...)true (значение по умолчанию) или false.
Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные Affymetrix из исследования рака простаты. Переменные в MAT-файле включают seqMatrix, матрица, содержащая информацию о последовательности для зондов PM, pmMatrix и mmMatrix, матрицы, содержащие PM и MM, зондируют значения интенсивности и probeIndices, вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда.
load prostatecancerrawdataВычислите PM Affymetrix и сродство зонда MM от их последовательностей и интенсивности зонда MM.
[apm, amm] = affyprobeaffinities(seqMatrix, mmMatrix(:,1),... 'ProbeIndices', probeIndices);
Выполните фоновую корректировку GCRMA на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов, создавание матрицы фона настроило значения интенсивности PM. Кроме того, отобразите график, показывающий log2 тестовых значений интенсивности из столбца 3 (чип 3) в mmMatrix, по сравнению с тестовым сродством в amm.
pms_adj = gcrmabackadj(pmMatrix, mmMatrix, apm, amm, 'showplot', 3);
Выполните фоновую корректировку GCRMA снова, с помощью более медленного, более формального, эмпирического метода Бейеса.
pms_adj2 = gcrmabackadj(pmMatrix, mmMatrix, apm, amm, 'method', 'EB');
prostatecancerrawdata.mat файл, используемый в этом примере, содержит данные из Лучшего и др., 2005.
[1] Ву, Z., Irizarry, R.A., джентльмен, Р., Мурильо, F.M., и Спенсер, F. (2004). Основанная на модели фоновая корректировка к массивам выражения олигонуклеотида. Журнал американской статистической ассоциации 99 (468), 909–917.
[2] Ву, Z., и Irizarry, R.A. (2005). Стохастические модели, вдохновленные теорией гибридизации для коротких массивов олигонуклеотида. Продолжения RECOMB 2004. J Comput Biol. 12 (6), 882–93.
[3] Ву, Z., и Irizarry, R.A. (2005). Статистическая среда для анализа данных Тестового Уровня микромассивов. Университет Джонса Хопкинса, рабочие документы биостатистики 73.
[4] Ву, Z., и Irizarry, R.A. (2003). Основанная на модели фоновая корректировка к массивам выражения олигонуклеотида. Семинар RSS по экспрессии гена, Уаю, Англия, http://biosun01.biostat.jhsph.edu/%7Eririzarr/Talks/gctalk.pdf.
[5] Абд Рэббо, N.A., и Barakat, H.M. (1979). Проблемы оценки в двумерном логарифмически нормальном распределении. Индийский J. Чистая прикладная математика 10 (7), 815–825.
[6] Лучше всего, C.J.M., Гиллеспи, J.W., И, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Gathright, Y., Эриксон, H.S., Георгевич, L., Tangrea, M.A., Duray, P.H., Гонсалес, S., Веласко, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Цена, D.K., Figg, W.D., Emmert-маркер, M.R., и Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке простаты после терапии абляции андрогена. Клинические Исследования рака 11, 6823–6834.
affygcrma | affyprobeseqread | affyread | celintensityread | probelibraryinfo