Получите филогенетические древовидные данные от базы данных PFAM
Tree
= gethmmtree(PFAMName
)
Tree
= gethmmtree(PFAMAccessionNumber
)
Tree
= gethmmtree(PFAMNumber
)
Tree
= gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue
,
...)
Tree
= gethmmtree(...'TimeOut',TimeOutValue
)
PFAMName | Вектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, '7tm_2' . |
PFAMAccessionNumber | Вектор символов, задающий инвентарный номер семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 'PF00002' . |
PFAMNumber | Целое число, задающее количество семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 2 номер семейства белков для семейства белков PF0002 . |
ToFileValue | Свойство задать местоположение и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Введите или имя файла или путь и имя файла, поддержанное вашей системой (текстовый ASCII-файл). |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
Tree | Объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков. |
ищет базу данных PFAM запись, представленную Tree
= gethmmtree(PFAMName
)PFAMName
, имя семейства белков, получает информацию и возвращает Tree
, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.
ищет базу данных PFAM запись, представленную Tree
= gethmmtree(PFAMAccessionNumber
)PFAMAccessionNumber
, инвентарный номер семейства белков, получает информацию и возвращает Tree
, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.
определяет инвентарный номер семейства белков из Tree
= gethmmtree(PFAMNumber
)PFAMNumber
, целое число, ищет базу данных PFAM связанную запись, получает информацию и возвращает Tree
, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.
вызовы Tree
= gethmmtree (... 'PropertyName
', PropertyValue
, ...)gethmmtree
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
сохраняет данные, возвращенные в базу данных PFAM в файле Tree
= gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue
,
...)ToFileValue
.
Совет
Загружать 'seed'
дерево, использовать gethmmtree
без любых дополнительных входных параметров. Получить 'full'
дерево, можно использовать gethmmalignment
функционируйте, чтобы загрузить 'full'
выравнивание и сборка дерево с помощью seqpdist
и seqneighjoin
функции, как проиллюстрировано в следующем примере.
устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных PFAM.Tree
= gethmmtree(...'TimeOut',TimeOutValue
)
Получите филогенетическое дерево, созданное из нескольких - выровненные последовательности раньше обучали модель профиля HMM глобальному выравниванию. Инвентарный номер PFAM PF00002
для 7-трансмембранного белка приемника в семействе секретинов.
tree = gethmmtree('PF00002');
Восстановите 'full'
дерево для того же семейства путем загрузки полного несколько упорядочивают выравнивание и создание дерева с помощью seqdist
и seqneighjoin
функции. Может потребоваться некоторое значительное количество времени, чтобы вычислить дерево для больших семей.
seqs = gethmmalignment('PF00002','type','full'); dis = seqpdist(seqs); tree = seqneighjoin(dis,'equivar',seqs);