Создайте филогенетическое дерево с помощью соединяющего соседа метода
PhyloTree
= seqneighjoin(Distances
)
PhyloTree
= seqneighjoin(Distances
, Method
)
PhyloTree
= seqneighjoin(Distances
, Method
, Names
)
PhyloTree
= seqneighjoin(...,
'Reroot', RerootValue
)
Distances | Матрица или вектор, содержащий биологические расстояния между парами последовательностей, такой, как возвращено seqpdist функция. |
Method | Вектор символов или строка, задающая метод, чтобы вычислить расстояния между узлами. Выбором является 'equivar' (значение по умолчанию) или 'firstorder' . |
Names | Любое из следующего:
Distances . |
вычисляет PhyloTree
= seqneighjoin(Distances
)PhyloTree
, филогенетический древовидный объект, от Distances
, попарные расстояния между разновидностями или продуктами, с помощью соединяющего соседа метода.
задает PhyloTree
= seqneighjoin(Distances
, Method
)Method
, метод, чтобы вычислить расстояния новых узлов ко всем другим узлам в каждой итерации. Общее выражение, чтобы вычислить расстояния между новым узлом, n
, после присоединения i
и j
и все другие узлы (k
), дают
D(n,k) = a*D(i,k) + (1-a)*D(j,k) - a*D(n,i) - (1-a)*D(n,j)
Это выражение, как гарантируют, найдет правильное дерево с аддитивными данными (минимальное сокращение отклонения).
Выбор для Method
:
Метод | Описание |
---|---|
equivar (значение по умолчанию) | Принимает равное отклонение и независимость эволюционных оценок расстояния (= 1/2), такой как в исходном соединяющем соседа алгоритме Saitou и Nei, JMBE (1987) или как в Studier и Keppler, JMBE (1988). |
firstorder | Принимает модель первого порядка отклонений и ковариации эволюционных оценок расстояния, с 'a' будучи настроенным в каждой итерации к значению между 0 и 1 , такой как в Gascuel, JMBE (1997). |
передачи PhyloTree
= seqneighjoin(Distances
, Method
, Names
)Names
, список имен (таких как разновидности или продукты), чтобы пометить вершины в филогенетическом древовидном объекте.
задает, повторно базироваться ли PhyloTree
= seqneighjoin(...,
'Reroot', RerootValue
)PhyloTree
. Выбором является true
(значение по умолчанию) или false
. Когда RerootValue
false
, seqneighjoin
исключает переукоренение получившегося дерева, которое полезно для наблюдения исходного приказа рычажного устройства, выполненного алгоритмом. seqneighjoin
по умолчанию повторно базируется получившееся дерево с помощью метода средней точки.
[1] Saitou, N. и Nei, M. (1987). Соединяющий соседа метод: новый метод для восстановления филогенетических деревьев. Молекулярная биология и Эволюция 4 (4), 406–425.
[2] Gascuel, O. (1997). BIONJ: улучшенная версия алгоритма NJ на основе простой модели данных о последовательности. Молекулярная биология и Эволюция 14 685–695.
[3] Studier, J.A., Keppler, K.J. (1988). Примечание по соединяющему соседа алгоритму Saitou и Nei. Молекулярная биология и Эволюция 5 (6) 729–731.
cluster
| multialign
| phytree
| plot
| reroot
| seqlinkage
| seqpdist
| view