Получите несколько выравнивание последовательности, сопоставленное с профилем скрытой модели Маркова (HMM) от базы данных PFAM
AlignStruct
= gethmmalignment(PFAMName
)
AlignStruct
= gethmmalignment(PFAMAccessNumber
)
AlignStruct
= gethmmalignment(PFAMNumber
)
AlignStruct
= gethmmalignment(...,
'ToFile', ToFileValue
, ...)
AlignStruct
= gethmmalignment(...,
'Type', TypeValue
, ...)
AlignStruct
= gethmmalignment(...,
'IgnoreGaps', IgnoreGaps
, ...)
AlignStruct
= gethmmalignment(...,
'TimeOut', TimeOutValue
, ...)
PFAMName | Вектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, '7tm_2' . |
PFAMAccessNumber | Вектор символов, задающий инвентарный номер семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 'PF00002' . |
PFAMNumber | Целое число, задающее количество семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 2 номер семейства белков для семейства белков PF00002 . |
ToFileValue | Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Если вы зададите только имя файла, тот файл будет сохранен в MATLAB® Current Folder. |
TypeValue | Вектор символов, который задает набор возвращенных выравниваний. Выбор:
|
IgnoreGapsValue | Управляет удалением символов - и . от последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
AlignStruct | Массив структур MATLAB, содержащий несколько, упорядочивает выравнивание, сопоставленное с профилем HMM. |
ищет базу данных PFAM (http://pfam.xfam.org/) запись профиля HMM, представленную AlignStruct
= gethmmalignment(PFAMName
)PFAMName
, имя семейства белков, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct
, массив структур MATLAB, с каждой структурой, содержащей следующие поля:
Поле | Описание |
---|---|
Header | Имя белка |
Sequence | Последовательность белка |
ищет базу данных PFAM запись профиля HMM, представленную AlignStruct
= gethmmalignment(PFAMAccessNumber
)PFAMAccessNumber
, инвентарный номер семейства белков, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct
, массив структур MATLAB.
определяет инвентарный номер семейства белков из AlignStruct
= gethmmalignment(PFAMNumber
)PFAMNumber
, целое число, ищет базу данных PFAM связанную запись профиля HMM, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct
, массив структур MATLAB.
вызовы AlignStruct
= gethmmalignment (..., 'PropertyName
', PropertyValue
, ...)gethmmalignment
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
сохраняет данные, возвращенные от базы данных PFAM до файла, заданного AlignStruct
= gethmmalignment(...,
'ToFile', ToFileValue
, ...)ToFileValue
.
Примечание
Можно считать FASTA-отформатированный файл, содержащий данные PFAM назад в программное обеспечение MATLAB с помощью fastaread
функция.
задает набор возвращенных выравниваний. Выбор: AlignStruct
= gethmmalignment(...,
'Type', TypeValue
, ...)
'full'
— Значение по умолчанию. Возвращает все последовательности, которые соответствуют профилю HMM.
'seed'
— Возвращается только последовательности раньше генерировали профиль HMM.
управляет удалением символов AlignStruct
= gethmmalignment(...,
'IgnoreGaps', IgnoreGaps
, ...)-
и .
от последовательности. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных PFAM.AlignStruct
= gethmmalignment(...,
'TimeOut', TimeOutValue
, ...)
Получать выравнивание кратного последовательностей раньше обучало профиль HMM глобальному выравниванию к 7-трансмембранному белку приемника в семействе секретинов, введите:
pfamalign = gethmmalignment('PF00002','Type','seed') pfamalign = 29×1 struct array with fields: Header Sequence
fastaread
| gethmmprof
| gethmmtree
| multialignread
| multialignwrite
| pfamhmmread