Считайте филогенетический древовидный файл
Tree = phytreeread(File)
Tree = phytreeread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
[Tree, Boot]=
phytreeread(File)
File | Вектор символов или строка, задающая Newick-или отформатированный Nexus древовидный файл (текстовый ASCII-файл) имя, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Для формата дерева Nexus, только одного дерева от первого |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
Tree |
|
Boot | Вектор-столбец значений начальной загрузки для каждого древовидного узла задан в
|
Tree = phytreeread(File)
Tree = phytreeread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
Древовидный формат NEWICK может быть найден в:
Формат дерева NEXUS может быть найден в:
Примечание
Эта реализация позволяет только двоичные деревья. Недвоичные деревья переводятся в двоичное дерево с дополнительными ветвями длины 0.
[ возвращает Tree, Boot]=
phytreeread(File)Boot, вектор-столбец значений начальной загрузки для каждого древовидного узла задан в File. Если File не задает значение начальной загрузки для узла, это возвращает значение NaN для того узла. phytreeread рассматривает следующие значения в File быть значениями начальной загрузки:
Значения в квадратных скобках ([]) после ветви или длин вершины (только для Newick-отформатированных деревьев)
Значения, которые появляются вместо ветви или меток вершины (и для Newick-и для отформатированных Nexus деревьев)
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)tr2 = phytreeread('pf00002.nex')Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)