Класс: BioIndexedFile
Получите индексы из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile с помощью алфавитно-цифрового ключа
Indices
= getIndexByKey(BioIFobj
, Key
)
[Indices
, LogicalVals
]
= getIndexByKey(BioIFobj
, Key
)
возвращает индексы записей в исходном файле, сопоставленном с Indices
= getIndexByKey(BioIFobj
, Key
)BioIFobj
, объект BioIndexedFile. Это возвращает индексы записей, которым задал ключи Key
, вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько алфавитно-цифровых ключей. Это возвращает Indices
, числовой вектор из индексов записей, которым задал алфавитно-цифровые ключи Key
. Если ключи в исходном файле не уникальны, он возвращает все индексы записей, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в Key
cellArray. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key
и выход Indices
.
[
возвращает логический вектор, который указывает только на последнее соответствие для каждого ключа, такого, что существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Indices
, LogicalVals
]
= getIndexByKey(BioIFobj
, Key
)Key
и
. Indices
(LogicalVals
)
|
Объект |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле, сопоставлены с |
|
Числовой вектор из индексов записей в исходном файле, которым задал алфавитно-цифровые ключи |
|
Логический вектор, содержащий то же число элементов как Совет Некоторые файлы содержат повторенные ключи. Например, SAM-отформатированные файлы используют тот же ключ для записей, которые соединяются чтения конца. Используйте |
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между условиями генной онтологии (GO) и названиями генов:
% Create variable containing full absolute path of source file sourcefile = which('yeastgenes.sgd'); % Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate % the source file is a tab-delimited file where contiguous rows % with the same key are considered a single entry. Store the % index file in the Current Folder. Indicate that keys are % located in column 3 and that header lines are prefaced with ! gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ... 'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')
Возвратите индексы для записей в исходном файле, которые заданы ключами AAC1 и AAD10.
% Access indices for entries that have the keys AAC1 and AAD10 indices = getIndexByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'})
indices = 3 5
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к SAM-отформатированному файлу, который повторил ключи.
% Create variable containing full absolute path of source file samsourcefile = which('ex1.sam'); % Create a BioIndexedFile object from the source file. Store the % index file in the Current Folder. samObj = BioIndexedFile('sam', samsourcefile, '.')
Возвратите только последние индексы для записей в исходном файле, которые заданы двумя ключами, 'B7_593:7:15:244:876 и EAS56_65:4:296:78:421, оба из которых являются повторными ключами.
% Return all indices for entries that have two specific keys [Indices, LogicalVal] = getIndexByKey(samObj, ... {'B7_593:7:15:244:876', 'EAS56_65:4:296:78:421'})
Indices = 3058 3238 3292 3293 LogicalVal = 0 1 0 1
% Return only the last index for each key LastIndices = Indices(LogicalVal)
LastIndices = 3238 3293
Используйте этот метод, чтобы определить индексы определенных записей с известными ключами.