graphpred2path

Преобразуйте индексы-предшественников в пути

Синтаксис

path = graphpred2path(pred, D)

Аргументы

pred Вектор-строка или матрица индексов узла-предшественников. Значение корня (или источник) узел в pred должен быть 0.
DЦелевой узел в pred.

Описание

Совет

Дополнительные сведения о функциях теории графов см. в Функциях Теории графов.

path = graphpred2path(pred, D) прослеживает путь следующим список-предшественник в pred запуск в целевом узле D.

Значение корня (или источник) узел в pred должен быть 0. Если NaN найден при следовании за узлами-предшественниками, graphpred2path возвращает пустой путь.

Если pred isa...И D isa...Затем path isa...
вектор-строка из индексов узла-предшественниковскалярвектор-строка, перечисляющий узлы от корня (или источник) к D.
вектор-строкамассив ячейки строки с каждым столбцом, содержащим путь к месту назначения для каждого элемента в D.
матрицаскалярмассив ячейки столбца с каждой строкой, содержащей путь для каждой строки в pred.
вектор-строкамассив ячейки матрицы с каждой строкой, содержащей пути для соответствующей строки в pred, и каждый столбец, содержащий пути к соответствующему месту назначения в D.

Примечание

Если D не использован, пути ко всем местам назначения вычисляются для каждого предшественника, перечисленного в pred.

Примеры

  1. Создайте объект phytree из филогенетического древовидного файла для белка GLR_HUMAN.

    tr = phytreeread('pf00002.tree')
    Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)

  2. Просмотрите объект phytree.

    view(tr)

  3. От объекта phytree создайте матрицу связи, чтобы представлять филогенетическое дерево. 

    [CM,labels,dist] = getmatrix(tr);

  4. Найдите узлы от корня до одного листа в филогенетическом дереве созданными из филогенетического древовидного файла для белка GLR_HUMAN.

    root_loc = size(CM,1)

root_loc =

    65

 glr_loc = strncmp('GLR',labels,3);
 glr_loc_ind = find(glr_loc)

glr_loc_ind =

    12

[T,PRED]=graphminspantree(CM,root_loc);
PATH = graphpred2path(PRED,glr_loc_ind)

PATH =

    65    64    53    52    46    45    44    43    12

Ссылки

[1] Siek, J.G., Ли, L-Q и Lumsdaine, A. (2002). Руководство пользователя библиотеки графика повышения и справочник, (верхний Сэддл-Ривер, образование НДЖ:ПИРСОНА).

Смотрите также

| | | | | | | | |

Представленный в R2006b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте