Оцените параметры скрытой модели Маркова (HMM) профиля с помощью псевдоколичеств
hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment,'PropertyName
',PropertyValue,
...) hmmprofestimate(..., 'A',AValue
) hmmprofestimate(..., 'Ax',AxValue
) hmmprofestimate(..., 'BE',BEValue
) hmmprofestimate(..., 'BDx',BDxValue
)
Model | Скрытая модель Маркова создается с функциональным |
| Массив последовательностей. |
A | Свойство установить вес псевдоколичества A. Значением по умолчанию является |
Ax | Свойство установить вес псевдоколичества Ax. Значение по умолчанию равняется 20. |
BE | Свойство установить фоновые вероятности эмиссии символа. Значения по умолчанию взяты из |
BMx | Свойство установить фоновые вероятности перехода от любого состояния СООТВЕТСТВИЯ ([ |
BDx | Свойство установить фоновые вероятности перехода от любого состояния DELETE ([ |
hmmprofestimate (Модель, MultipleAlignment, '
возвращает структуру с полями, содержащими обновленные предполагаемые параметры HMM профиля. Эмиссия символа и вероятности изменения состояния оцениваются с помощью действительных количеств и взвесили псевдоколичества, полученные с фоновыми вероятностями. Весом по умолчанию является PropertyName
', PropertyValue
...)A=20
, фоновая эмиссия символа по умолчанию для соответствия и вставляет состояния, взят из Model.NullEmission
, и фоновые вероятности перехода по умолчанию совпадают с вероятностями перехода по умолчанию, возвращенными hmmprofstruct
.
Типовая конструкция: Несколько выровненных последовательностей должны содержать прописные буквы и тире, указывающих на состояния модели MATCH и DELETE, соглашающиеся с Model.ModelLength
. Если аннотация состояния модели отсутствует, но MultipleAlignment
выровненный пробел, затем "максимальная энтропия" критерии используется, чтобы выбрать Model.ModelLength
состояния.
Примечание
Вставьте и фланг вставляют вероятности перехода, не оцениваются, но может быть изменен впоследствии с помощью hmmprofstruct
.
hmmprofestimate (...,
устанавливает вес псевдоколичества AValue
)A = Avalue
при оценке вероятностей эмиссии символа. Значением по умолчанию является 20
.
hmmprofestimate (..., 'Ax',
устанавливает вес псевдоколичества AxValue
)Ax = Axvalue
при оценке вероятностей перехода. Значение по умолчанию равняется 20.
hmmprofestimate (..., 'BE',
устанавливает фоновые вероятности эмиссии символа. Значения по умолчанию взяты из BEValue
)Model.NullEmission
.
hmmprofestimate (..., 'BMX',
устанавливает фоновые вероятности перехода от любого состояния СООТВЕТСТВИЯ ([BMxValue
)M
-> M
M
-> I
M
-> D
]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct
.
hmmprofestimate (..., 'BDx',
устанавливает фоновые вероятности перехода от любого состояния DELETE ([BDxValue
)D
-> M
D
-> D
]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct
.