Постройте профиль скрытой модели Маркова (HMM)
showhmmprof(
Model
)
showhmmprof(Model
,
...'Scale', ScaleValue
, ...)
showhmmprof(Model
, ...'Order', OrderValue
,
...)
Model | Скрытая модель Маркова создается функцией gethmmprof или pfamhmmread . |
ScaleValue | Свойство выбрать шкалу вероятности. Введите одно из следующих значений:
|
OrderValue | Свойство задать порядок алфавита аминокислоты. Введите вектор символов или строку с 20 стандартными символами аминокислот A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V . Неоднозначные символы B Z X не позволены. |
showhmmprof(
строит профиль скрытая модель Маркова, описанная структурой Model
)Model
.
showhmmprof (..., '
вызовы PropertyName
', PropertyValue
, ...)showhmmprof
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
showhmmprof(
задает шкалу, чтобы использовать. Если логарифмические вероятности (Model
,
...'Scale', ScaleValue
, ...)
), вероятности (ScaleValue
= 'logprob'
), или нечетные журналом отношения (ScaleValue
= 'prob'
). Чтобы вычислить нечетные журналом отношения, пустые вероятности модели используются для эмиссии символа, и одинаково распределенные переходы используются для пустых вероятностей перехода. ScaleValue
= 'logodds'
по умолчаниюScaleValue
'logprob'
.
showhmmprof(
задает порядок, в котором символы располагаются вдоль вертикальной оси. Эта опция позволяет вам, переупорядочивают алфавит и группируют символы согласно их свойствам.Model
, ...'Order', OrderValue
,
...)
Загрузите пример модели.
model = pfamhmmread('pf00002.ls');
Постройте профиль.
showhmmprof(model, 'Scale', 'logodds')
Закажите алфавит гидрофобностью.
hydrophobic = 'IVLFCMAGTSWYPHNDQEKR';
Постройте профиль.
showhmmprof(model, 'Order', hydrophobic)
gethmmprof
| hmmprofalign
| hmmprofestimate
| hmmprofgenerate
| hmmprofstruct
| pfamhmmread