showhmmprof

Постройте профиль скрытой модели Маркова (HMM)

Синтаксис

showhmmprof(Model)
showhmmprof(Model, ...'Scale', ScaleValue, ...)
showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue, ...)

Аргументы

ModelСкрытая модель Маркова создается функцией gethmmprof или pfamhmmread.
ScaleValueСвойство выбрать шкалу вероятности. Введите одно из следующих значений:
  • 'logprob' — Регистрируйте вероятности

  • 'prob' — Вероятности

  • 'logodds' — Нечетные журналом отношения

OrderValueСвойство задать порядок алфавита аминокислоты. Введите вектор символов или строку с 20 стандартными символами аминокислот A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V. Неоднозначные символы B Z X не позволены.

Описание

showhmmprof(Model) строит профиль скрытая модель Маркова, описанная структурой Model.

showhmmprof (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы showhmmprof с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

showhmmprof(Model, ...'Scale', ScaleValue, ...) задает шкалу, чтобы использовать. Если логарифмические вероятности (ScaleValue= 'logprob'), вероятности (ScaleValue= 'prob'), или нечетные журналом отношения (ScaleValue= 'logodds'). Чтобы вычислить нечетные журналом отношения, пустые вероятности модели используются для эмиссии символа, и одинаково распределенные переходы используются для пустых вероятностей перехода. ScaleValue по умолчанию 'logprob'.

showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue, ...) задает порядок, в котором символы располагаются вдоль вертикальной оси. Эта опция позволяет вам, переупорядочивают алфавит и группируют символы согласно их свойствам.

Примеры

  1. Загрузите пример модели.

    model = pfamhmmread('pf00002.ls');
  2. Постройте профиль.

    showhmmprof(model, 'Scale', 'logodds')

  3. Закажите алфавит гидрофобностью.

    hydrophobic = 'IVLFCMAGTSWYPHNDQEKR';
  4. Постройте профиль.

    showhmmprof(model, 'Order', hydrophobic)

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте