hmmprofgenerate

Сгенерируйте случайную последовательность, чертившую из скрытой модели Маркова (HMM) профиля

Синтаксис

Sequence = hmmprofgenerate(Model)
[Sequence, Profptr] = hmmprofgenerate(Model)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Align', AlignValue, ...)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Flanks', FlanksValue, ...)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Signature', SignatureValue, ...)

Аргументы

Model

Скрытая модель Маркова, созданная с hmmprofstruct функция.

AlignValue

Управляет использованием прописных букв для соответствий и строчных букв для вставленных букв. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

FlanksValue

Средства управления включение символов, сгенерированных FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния в выходную последовательность. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

SignatureValue

Управляет возвратом наиболее вероятного пути и символов. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Описание

Sequence = hmmprofgenerate(Model) возвращает последовательность аминокислот или нуклеотидов, чертивших от профиля Model. Длина, алфавит и вероятности Model хранятся в структуре. Для получения дополнительной информации об этой структуре, смотрите hmmprofstruct.

[Sequence, Profptr] = hmmprofgenerate(Model) возвращает вектор из той же длины как модель профиля, указывающая на соответствующие состояния в выходной последовательности. Нулевые указатели (0) среднее значение, что такие состояния не существуют в выходной последовательности, также потому что они никогда не трогаются (i.e., спрыгивает с состояния BEGIN, чтобы СОВПАДАТЬ с состояниями, или от состояний СООТВЕТСТВИЯ в конец утверждают), или потому что состояния DELETE не находятся в выходной последовательности (не выровненный выход; смотрите ниже).

... = hmmprofgenerate (Model PropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы hmmprofgenerate с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = hmmprofgenerate(Model, ...'Align', AlignValue, ...) если Align true, выходная последовательность выравнивается к модели можно следующим образом: прописные буквы и тире соответствуют СООТВЕТСТВИЮ, и состояния DELETE соответственно (объединенное количество равно количеству состояний в модели). Строчные буквы испускаются ВСТАВЛЕНИЕМ, или FLANKING ВСТАВЛЯЮТ состояния. Если AlignValue false, выход является последовательностью символов верхнего регистра. Значением по умолчанию является true.

... = hmmprofgenerate(Model, ...'Flanks', FlanksValue, ...) если Flanks true, выходная последовательность включает символы, сгенерированные FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния. Значением по умолчанию является false.

... = hmmprofgenerate(Model, ...'Signature', SignatureValue, ...) если SignatureValue true, возвращает наиболее вероятный путь и символы. Значением по умолчанию является false.

Примеры

load('hmm_model_examples','model_7tm_2') % load a model example
rand_sequence = hmmprofgenerate(model_7tm_2)

Смотрите также

| |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте