Exponenta Banner

imageneread

Считайте микроданные массива из файла Результатов ImaGene

Синтаксис

imagenedata = imageneread(File)
imagenedata = imageneread(..., 'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...)

Аргументы

File ImaGene® Results отформатировал файл. Введите вектор символов или строку, задающую имя файла, или путь и имя файла.
CleanColNamesValue Управляет преобразованием любого ColumnNames содержа пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменных MATLAB® к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Описание

imagenedata = imageneread(File) считывает данные о результатах ImaGene из File и создает imagenedata, структура MATLAB, содержащая следующие поля.

Поле
HeaderAA
Data
Blocks
Rows
Columns
Fields
IDs
ColumnNames
Indices
Shape

imagenedata = imageneread (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы imageneread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

imagenedata = imageneread(..., 'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...) управляет преобразованием любого ColumnNames содержа пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменной MATLAB к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Поле Indices из структуры содержит индексы, которые можно использовать для графического вывода карт тепла данных с функциональным image или imagesc.

Для получения дополнительной информации о формате ImaGene и данных в качестве примера, см. документацию ImaGene.

Примеры

В следующем примере, файл cy3.txt не обеспечивается.

  1. Читайте в демонстрационном файле Результатов ImaGene. Обратите внимание на то, что файл в качестве примера, cy3.txt, не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.

    cy3Data = imageneread('cy3.txt');

  2. Постройте среднее значение сигнала.

    maimage(cy3Data,'Signal Mean');

  3. Читайте в демонстрационном файле Результатов ImaGene. Обратите внимание на то, что файл в качестве примера, cy5.txt, не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox.

    cy5Data = imageneread('cy5.txt');

  4. Создайте loglog график медианы сигнала из двух файлов Результатов ImaGene.

    sigMedianCol = find(strcmp('Signal Median',cy3Data.ColumnNames));
cy3Median = cy3Data.Data(:,sigMedianCol);
cy5Median = cy5Data.Data(:,sigMedianCol);
maloglog(cy3Median,cy5Median,'title','Signal Median');

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка