Возвратите матрицу оценок закрепившейся точечной мутации (PAM)
ScoringMatrix
=
pam(N
)
[ScoringMatrix
, MatrixInfo
]
= pam(N
)
... = pam(N
, ...'Extended', ExtendedValue
,
...)
... = pam(N
, ...'Order', OrderValue
,
...)
N | Целое число, задающее матрицу выигрыша PAM, чтобы возвратиться. Выбором является Совет Ввод большего значения для |
ExtendedValue | Управляет возвратом неоднозначных символов ( |
OrderValue | Вектор символов или строка, которая управляет порядком аминокислот в матрице выигрыша. Выбором является вектор символов или строка, по крайней мере, с |
возвращает PAMScoringMatrix
=
pam(N
)N
выигрыш матрицы для последовательностей аминокислот.
[
возвращает структуру с информацией о матрице PAM. Полями в структуре является ScoringMatrix
, MatrixInfo
]
= pam(N
)Name
шкала
, Entropy
, Expected
, и Order
.
... = pam (
вызовы N
PropertyName
', PropertyValue
, ...)pam
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = pam(
управляет возвратом неоднозначных символов (N
, ...'Extended', ExtendedValue
,
...)B
Z
, и X
), и стоповый символ (*
), в дополнение к 20
стандартные символы аминокислоты. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
... = pam(
управляет порядком аминокислот в возвращенной матрице выигрыша. Выбором является вектор символов или строка, по крайней мере, с N
, ...'Order', OrderValue
,
...)20
стандартные аминокислоты. Упорядоченным расположением по умолчанию выхода является A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
. Если OrderValue
не содержит расширенные символы B
Z
X
, и *
, затем эти символы не возвращены.
Матрица замены PAM50 в 1/2
битные модули, Ожидаемый счет = -3.70
, Энтропия = 2.00
биты, Самый Низкий счет = -13
, Самый высокий счет = 13
.
Матрица замены PAM250 в 1/3
битные модули, Ожидаемый счет = -0.844
, Энтропия = 0.354
биты, Самый Низкий счет = -8
, Самый высокий счет = 17
.
Возвратите матрицу PAM50.
PAM50 = pam(50)
Возвратите матрицу PAM250 и задайте порядок аминокислот в матрице.
PAM250 = pam(250,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')