Возвратите локальные оптимальные и субоптимальные выравнивания между двумя последовательностями
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
)
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'NumAln', NumAlnValue
, ...)
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'MinScore', MinScoreValue
, ...)
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'Percent', PercentValue
, ...)
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'DoAlignment', DoAlignmentValue
, ...)
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'Alphabet', AlphabetValue
, ...)
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue
,
...)
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'Scale', ScaleValue
, ...)
AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'GapOpen', GapOpenValue
, ...)
возвращает информацию о первом оптимальном (самый высокий выигрыш) локальное выравнивание между двумя последовательностями в структуре MATLAB®. AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
)
вызовы AlignStruct
= localalign (Seq1
, Seq2
PropertyName
', PropertyValue
, ...)localalign
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName
в одинарных кавычках. Каждый PropertyName
является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
возвращает информацию об одном или нескольких непересечениях, локальных выравниваниях (оптимальный и субоптимальный). Это ограничивает количество выравниваний, чтобы возвратиться путем определения количества локальных выравниваний, чтобы возвратиться. Это возвращает выравнивания в порядке убывания согласно их счету.AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'NumAln', NumAlnValue
, ...)
возвращает информацию о непересечении, локальных выравниваниях (оптимальный и субоптимальный), чей счет больше AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'MinScore', MinScoreValue
, ...)MinScoreValue
.
возвращает информацию об одном или нескольких непересекающихся локальных выравниваниях (оптимальный и субоптимальный), чьи баллы в AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'Percent', PercentValue
, ...)PercentValue
процент самого высокого счета. Это возвращает выравнивания в порядке убывания согласно их счету.
задает, включать ли попарные выравнивания в AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'DoAlignment', DoAlignmentValue
, ...)Alignment
поле структуры output. Выбором является true
(значение по умолчанию) или false
.
задает тип последовательностей. Выбором является AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'Alphabet', AlphabetValue
, ...)'AA'
(значение по умолчанию) или 'NT'
.
задает матрицу выигрыша, чтобы использовать для локального выравнивания.AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue
,
...)
указывает, что масштабный коэффициент применился к выходным баллам, таким образом, управляя модулями выходных баллов. Выбором является любое положительное значение. Значением по умолчанию является AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'Scale', ScaleValue
, ...)1
, который не изменяет модули выходного счета.
задает штраф за открытие разрыва в выравнивании. Выбором является любое положительное значение. Значением по умолчанию является AlignStruct
= localalign(Seq1
, Seq2
,
...'GapOpen', GapOpenValue
, ...)8
.
|
Первая аминокислота или последовательность нуклеотида, заданная любым следующим:
Совет Для справки с буквой и целочисленными представлениями аминокислот и нуклеотидов, смотрите Поиск Поиска или Нуклеотида Аминокислоты. |
|
Вторая аминокислота или последовательность нуклеотида, который |
|
Положительная скалярная величина (<или = Примечание Если вы задаете Совет Используйте Значение по умолчанию: |
|
Положительная скалярная величина, задающая минимальный счет локальных, непересекающихся выравниваний (оптимальный и субоптимальный), чтобы возвратиться. Примечание Если вы задаете Совет Используйте |
|
Положительная скалярная величина между Примечание Если вы задаете Совет Используйте |
|
Управляет включением попарных выравниваний в |
|
Вектор символов или строка, задающая тип последовательностей. Выбором является |
|
Любое из следующего:
Примечание Если необходимо скомпилировать |
|
Положительное значение, которое задает масштабный коэффициент, который применяется к выходным баллам, таким образом, управляя модулями выходных баллов. Например, если выходной счет первоначально определяется в битах, и вы вводите Значением по умолчанию является Примечание Если Совет Прежде, чем сравнить баллы выравнивания от нескольких выравниваний, гарантируйте, что баллы находятся в тех же модулях. Используйте |
|
Положительное значение, задающее штраф за открытие разрыва в выравнивании. Значение по умолчанию: |
|
Структура MATLAB или массив структур, содержащих информацию о локальных оптимальных и субоптимальных выравниваниях между двумя последовательностями. Каждая структура представляет оптимальное или субоптимальное выравнивание и содержит следующие поля.
|
Ограничьте количество выравниваний, чтобы возвратиться между двумя последовательностями путем определения количества выравниваний:
% Create variables containing two amino acid sequences. Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA'; Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG'; % Use the NumAln property to return information about the % top three local alignments. struct1 = localalign(Seq1, Seq2, 'numaln', 3) struct1 = Score: [3x1 double] Start: [3x2 double] Stop: [3x2 double] Alignment: {3x1 cell} % View the scores of the first and second alignments. struct1.Score(1:2) ans = 11.0000 9.6667 % View the first alignment. struct1.Alignment{1} ans = VSPAG ||||| VSPAG
Ограничьте количество выравниваний, чтобы возвратиться между двумя последовательностями путем определения минимального счета:
% Create variables containing two amino acid sequences. Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA'; Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG'; % Use the MinScore property to return information about % only local alignments with a score greater than 8. % Use the DoAlignment property to exclude the actual alignments. struct2 = localalign(Seq1,Seq2,'minscore',8,'doalignment',false) struct2 = Score: [2x1 double] Start: [2x2 double] Stop: [2x2 double]
Ограничьте количество выравниваний, чтобы возвратиться между двумя последовательностями путем определения процента от максимального счета:
% Create variables containing two amino acid sequences. Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA'; Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG'; % Use the Percent property to return information about only % local alignments with a score within 15% of the maximum score. struct3 = localalign(Seq1, Seq2, 'percent', 15) struct3 = Score: [2x1 double] Start: [2x2 double] Stop: [2x2 double] Alignment: {2x1 cell}
Задайте матрицу выигрыша и разрыв вводный штраф при выравнивании двух последовательностей:
% Create variables containing two nucleotide sequences. Seq1 = 'CCAATCTACTACTGCTTGCAGTAC'; Seq2 = 'AGTCCGAGGGCTACTCTACTGAAC'; % Create a scoring matrix with a match score of 10 and a mismatch % score of -9 sm = [10 -9 -9 -9; -9 10 -9 -9; -9 -9 10 -9; -9 -9 -9 10]; % Use the ScoringMatrix and GapOpen properties when returning % information about the top three local alignments. struct4 = localalign(Seq1, Seq2, 'alpha', 'nt', ... 'scoringmatrix', sm, 'gapopen', 20, 'numaln', 3) struct4 = Score: [3x1 double] Start: [3x2 double] Stop: [3x2 double] Alignment: {3x1 cell}
[1] Бартон, G. (1993). Эффективный алгоритм, чтобы определить местоположение всех локально оптимальных выравниваний между двумя последовательностями, допускающими разрывы. CABIOS 9, 729–734.
blosum
| dayhoff
| fastaread
| gethmmalignment
| gonnet
| localalign
| multialign
| multialignread
| nuc44
| nwalign
| pam
| seqalignviewer
| swalign