pdist (phytree)

Вычислите попарные принадлежащие отцам церкви расстояния в объекте phytree

Синтаксис

D = pdist(Tree)
[D, C] = pdist(Tree)
pdist(..., 'Nodes', NodesValue, ...)
pdist(..., 'Squareform', SquareformValue, ...)
pdist(..., 'Criteria', CriteriaValue, ...)

Аргументы

Tree

объект phytree, созданный phytree функция (конструктор Object) или phytreeread функция.

NodesValueВектор символов или строка, задающая узлы, включены в расчет. Выбором является 'leaves' (значение по умолчанию) или 'all'.
SquareformValueУправляет созданием квадратной матрицы. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
CriteriaValueВектор символов или строка, задающая критерии раньше, связывали пары. Выбором является 'distance' (значение по умолчанию) или 'levels'.

Описание

D = pdist(Tree) возвращает D, вектор, содержащий принадлежащие отцам церкви расстояния между каждой возможной парой вершин Tree, филогенетический древовидный объект. Принадлежащие отцам церкви расстояния вычисляются следующими путями посредством ветвей дерева и добавления принадлежащих отцам церкви расстояний ветви, первоначально созданных с seqlinkage функция.

Выходной вектор D располагается в порядке ((2,1), (3,1), ..., (M,1), (3,2), ..., (M,2), ..., (M,M-1)) (нижний левый треугольник полного M- M матрица расстояния). Получить расстояние между Ith и Jузлы th (I > J), используйте формулу D((J-1)*(M-J/2)+I-J)M количество листов.

[D, C] = pdist(Tree) возвращается в C, индекс самых близких общих родительских узлов для каждой возможной пары узлов запроса.

pdist (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы pdist с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

pdist(..., 'Nodes', NodesValue, ...) задает узлы, включенные в расчет. Выбором является 'leaves' (значение по умолчанию) или 'all'. Когда NodesValue 'leaves', выход упорядочен как прежде, но M общее количество узлов в дереве (NumLeaves+NumBranches).

pdist(..., 'Squareform', SquareformValue, ...) управляет созданием квадратной матрицы. Выбором является true или false (значение по умолчанию). Когда SquareformValue true, pdist преобразует выход в отформатированную квадратом матрицу, так, чтобы D(I,J) обозначает расстояние между Ith и Jузлы th. Выходная матрица симметрична и имеет нулевую диагональ.

pdist(..., 'Criteria', CriteriaValue, ...) изменяется критерии раньше связывали пары. CriteriaValue может быть 'distance' (значение по умолчанию) или 'levels'.

Примеры

  1. Считайте филогенетический древовидный файл в объект phytree.

    tr = phytreeread('pf00002.tree')
  2. Вычислите древовидные расстояния между парами листов.

    dist = pdist(tr,'nodes','leaves','squareform',true)

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте