Вычислите попарные принадлежащие отцам церкви расстояния в объекте phytree
D
= pdist(Tree
)
[D
, C
]
= pdist(Tree
)
pdist(..., 'Nodes', NodesValue
,
...)
pdist(..., 'Squareform', SquareformValue
,
...)
pdist(..., 'Criteria', CriteriaValue
,
...)
Tree | объект phytree, созданный |
NodesValue | Вектор символов или строка, задающая узлы, включены в расчет. Выбором является 'leaves' (значение по умолчанию) или 'all' . |
SquareformValue | Управляет созданием квадратной матрицы. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
CriteriaValue | Вектор символов или строка, задающая критерии раньше, связывали пары. Выбором является 'distance' (значение по умолчанию) или 'levels' . |
возвращает D
= pdist(Tree
)D
, вектор, содержащий принадлежащие отцам церкви расстояния между каждой возможной парой вершин Tree
, филогенетический древовидный объект. Принадлежащие отцам церкви расстояния вычисляются следующими путями посредством ветвей дерева и добавления принадлежащих отцам церкви расстояний ветви, первоначально созданных с seqlinkage
функция.
Выходной вектор D
располагается в порядке ((2,1), (3,1), ..., (M,1), (3,2), ..., (M,2), ..., (M,M-1))
(нижний левый треугольник полного M
- M
матрица расстояния). Получить расстояние между I
th и J
узлы th (I > J)
, используйте формулу D((J-1)*(M-J/2)+I-J)
M
количество листов.
[
возвращается в D
, C
]
= pdist(Tree
)C
, индекс самых близких общих родительских узлов для каждой возможной пары узлов запроса.
pdist (..., '
вызовы PropertyName
', PropertyValue
, ...)pdist
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
pdist(..., 'Nodes',
задает узлы, включенные в расчет. Выбором является NodesValue
,
...)'leaves'
(значение по умолчанию) или 'all'
. Когда NodesValue
'leaves'
, выход упорядочен как прежде, но M
общее количество узлов в дереве (NumLeaves+NumBranches
).
pdist(..., 'Squareform',
управляет созданием квадратной матрицы. Выбором является SquareformValue
,
...)true
или false
(значение по умолчанию). Когда SquareformValue
true
, pdist
преобразует выход в отформатированную квадратом матрицу, так, чтобы D(I,J)
обозначает расстояние между I
th и J
узлы th. Выходная матрица симметрична и имеет нулевую диагональ.
pdist(..., 'Criteria',
изменяется критерии раньше связывали пары. CriteriaValue
,
...)CriteriaValue
может быть 'distance'
(значение по умолчанию) или 'levels'
.
Считайте филогенетический древовидный файл в объект phytree.
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Вычислите древовидные расстояния между парами листов.
dist = pdist(tr,'nodes','leaves','squareform',true)