Создайте объект phytree
Tree
= phytree(B
)
Tree
= phytree(B
, D
)
Tree
= phytree(B
, C
)
Tree
= phytree(BC
)
Tree
= phytree(..., N
)
Tree
= phytree
B | Числовой массив размера |
C | Вектор-столбец с расстояниями для каждой ветви. |
D | Вектор-столбец с расстояниями от каждого узла до их родительской ветви. |
BC | Объединенная матрица с указателями на ветви или листы и расстояния ветвей. |
| Массив ячеек с именами листов и ветвей. |
создает ультраметрический филогенетический древовидный объект. В ультраметрическом филогенетическом древовидном объекте все листы являются тем же расстоянием от корня.Tree
= phytree(B
)
B
числовой массив размера [NUMBRANCHES X 2]
в котором каждая строка представляет ветвь дерева, и это содержит два указателя на ветвь или вершины, которые являются ее дочерними элементами.
Вершины пронумерованы от 1
к NUMLEAVES
и узлы ветви пронумерованы от NUMLEAVES + 1
к NUMLEAVES + NUMBRANCHES
. Обратите внимание на то, что, потому что только двоичные деревья позволены, NUMLEAVES = NUMBRANCHES + 1
.
Ветви заданы в хронологическом порядке (например, B(i,:) > NUMLEAVES + i
). Как следствие первая строка может только иметь указатели на листы, и последняя строка должна представлять корневую ветвь. Родительско-дочерние расстояния установлены в 1
, если дочерний элемент не является листом и удовлетворить ультраметрическому условию дерева, его расстояние увеличено.
Учитывая дерево с тремя листами и двумя ветвями как пример.
В Командном окне MATLAB® ввести
B = [1 2 ; 3 4] B = 1 2 3 4 tree = phytree(B) Phylogenetic tree object with 3 leaves (2 branches) view(tree)
создает дополнение (ультраметрика или nonultrametric) филогенетический древовидный объект с расстояниями ветви, заданными Tree
= phytree(B
, D
)D
D
числовой массив размера [NUMNODES X 1]
с расстояниями каждого дочернего узла (лист или ветвь) к ее родительской ветви равняются NUMNODES = NUMLEAVES + NUMBRANCHES
. Последнее расстояние в D
расстояние корневого узла и бессмысленно.
b = [1 2 ; 3 4 ] b = 1 2 3 4 d = [1; 2; 1.5; 1; 0] d = 1.0000 2.0000 1.5000 1.0000 0 view(phytree(b,d))
создает ультраметрический филогенетический древовидный объект с расстояниями между ветвями и листами, заданными Tree
= phytree(B
, C
)C
C
числовой массив размера [NUMBRANCHES X 1]
, который содержит расстояние от каждой ветви до листов. В ультраметрических деревьях все листы в том же местоположении (то же расстояние до корня).
b = [1 2 ; 3 4] b = 1 2 3 4 c = [1 4]' c = 1 4 view(phytree(b,c))
создает ультраметрический филогенетический объект двоичного дерева с указателями ветви в Tree
= phytree(BC
)BC(:,[1 2])
и ветвь координирует в BC(:,3)
. То же самое как phytree(B,C)
.
задает имена для листов и/или ветвей. Tree
= phytree(..., N
)N
вектор строки или массив ячеек из символьных векторов. Если NUMEL(N)==NUMLEAVES
, затем имена присвоены хронологически листам. Если NUMEL(N)==NUMBRANCHES
, имена присвоены узлам ветви. Если NUMEL(N)==NUMLEAVES + NUMBRANCHES
, все узлы называют. Неприсвоенное значение по умолчанию имен к 'Leaf #'
и/или 'Branch #'
как требуется.
создает пустой филогенетический древовидный объект.Tree
= phytree
cluster
| get
| getbyname
| getcanonical
| getmatrix
| getnewickstr
| pdist
| phytreeread
| phytreeviewer
| phytreewrite
| plot
| prune
| reroot
| select
| seqlinkage
| seqneighjoin
| seqpdist
| subtree
| view
| weights